Erwägungen
Der Steuerpflichtige erwarb am 23. Januar 2003/28. Februar 2003 zwei Grundstücke in U./ZH für insgesamt Fr. 32'250'000.--. Er vereinigte diese und begründete Stockwerkeigentum, um einen Neubau bzw. Anbau an ein bestehendes Einkaufszentrum zu erstellen. Am 3. Mai 2006 verkaufte er eine Stockwerkeinheit und einen Miteigentumsanteil an die Y. AG für Fr. 51'756'403.-- (inkl. MWST) bzw. Fr. 49'320'000.-- (exkl. MWST).
Die örtliche Kommission für die Grundsteuern ermittelte einen steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 22'572'300.-- und verfügte eine Grundstückgewinnsteuer von Fr. 9'018'320.--. Das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich gelangte zu einem steuerbaren Grundstückgewinn von Fr. 15'045'942.95 und einer Grundstückgewinnsteuer von Fr. 6'007'760.--. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich setzte den steuerbaren Grundstückgewinn auf Fr. 15'031'040.-- herab und die Grundstückgewinnsteuer auf Fr. 6'001'800.--.
Erwägungen
Das Bundesgericht heisst die Beschwerde teilweise gut. Es stellt fest, dass eine Grundstückhändlerpauschale im Umfang von Fr. 2'466'000.-- zugunsten des Kantons Schwyz zu berücksichtigen ist. Im Übrigen wird die Beschwerde abgewiesen.
Das Bundesgericht führt aus, dass die Mietereinbauten von Fr. 8'677'791.45 nicht als Anlagekosten zu berücksichtigen sind, da sie nicht Gegenstand des Kaufvertrags waren. Hingegen hat der Kanton Zürich als Belegenheitskanton einen Anteil an den Gemeinkosten des Steuerpflichtigen als Grundstückhändler…