Erwägungen
Der deutsche Staatsbürger X. trat am 1. August 2001 eine Stelle in der Schweiz an. Am 25. September 2002 erhielt er vom Migrationsamt des Kantons Aargau eine EG/EFTA-Aufenthaltsbewilligung, deren Gültigkeit ursprünglich bis zum 30. September 2006 beschränkt war, aber auf Wunsch von X. bis zum 30. September 2007 verlängert wurde. Seit dem 1. August 2006 ist X. bei der Sozialversicherungsanstalt des Kantons Aargau als Selbständigerwerbender gemeldet.
Am 17. August 2007 ersuchte X. die Einwohnerkontrolle um Verlängerung seiner Aufenthaltsbewilligung sowie jener seiner Frau und seines Sohns. Er wurde aufgefordert, dafür das Formular "Verfallsanzeige" und die entsprechenden Ausländerausweise einzureichen. X. weigerte sich, dies zu tun, da er und seine Angehörigen gestützt auf das Freizügigkeitsabkommen einen Anspruch auf "automatische" Verlängerung hätten.
Nach verschiedenen Briefwechseln trat das Migrationsamt des Kantons Aargau am 23. April 2008 auf sein Gesuch nicht ein. Der hiergegen erhobenen Einsprache gab der Rechtsdienst des Migrationsamts am 25. September 2008 keine Folge. Das Rekursgericht im Ausländerrecht des Kantons Aargau befand am 9. Juli 2009, dass das Freizügigkeitsabkommen den Mitgliedstaaten einen gewissen Spielraum belasse, um das Verlängerungsverfahren zu gestalten.
Erwägungen
Das Bundesgericht weist die Beschwerde ab, soweit es darauf eintritt. Es stellt fest, dass das Freizügigkeitsabkommen ergänzende nationale Verfahrensregeln im Zusammenhang mit der Verlängerung von EG/EFTA-Aufenthaltsbewilligungen bzw. den entsprechenden Papieren nicht ausschließt. Zwar haben Bewilligungen in der EU keine rechtsbegründende, sondern nur deklaratorische Bedeutung, dies entbindet die aus dem Freizügigkeitsabkommen Berechtigten jedoch nicht davon, sich bei den Behörden zu melden und das erforderliche Ausweispapier zu beschaffen bzw. die hierfür nötigen Angaben zu liefern.
Das Bundesgericht erachtet es als zulässig, dass die Migrationsbehörden die Beschwerdeführer aufgefordert haben, eine "Verfallsanzeige" und ihre Ausländerausweise einzureichen. Dies entspricht den…