Sachverhalt
Y. AG ist eine Aktiengesellschaft, die seit 1955 im Handelsregister des Kantons Neuenburg eingetragen ist. Ihr Zweck ist der Betrieb und die Verwaltung von Liegenschaften. Im Jahr 2006 teilte die kantonale Steuerverwaltung Y. AG die Veranlagungen für das Steuerjahr 2004 sowohl für die kantonalen und kommunalen Steuern als auch für die direkte Bundessteuer mit. Der angesetzte steuerpflichtige Gewinn betrug 21'800 Franken, nachdem ein Betrag von 11'150 Franken vom erklärten Betrag von 21'150 Franken für Löhne und sonstige Aufwendungen an A., den einzigen Verwaltungsrat und Aktionär der Gesellschaft, zurückgenommen worden war.
Die Veranlagungsverfügungen wurden vom Steuergericht Neuenburg und vom Verwaltungsgericht des Kantons Neuenburg bestätigt. Daraufhin erhob Y. AG Beschwerde beim Bundesgericht.
Erwägungen
Das Bundesgericht wies die Beschwerde in zulässiger Weise ab. Es vertrat die Auffassung, dass wenn die kantonale Beschwerdeinstanz eine einzige Verfügung erlässt, die sowohl für die direkte Bundessteuer als auch für die kantonalen und kommunalen Steuern gilt und die Rechtsfrage im Bundesrecht und im harmonisierten Kantonsrecht gleich geregelt ist, der Beschwerdeführer diese Verfügung mit einer einzigen Beschwerde anfechten kann. Es ist nicht mehr erforderlich, zwei separate Beschwerden einzureichen, wie dies früher der Fall war.
Im vorliegenden Fall unterschied der angefochtene Entscheid im Dispositiv nicht zwischen der direkten Bundessteuer und den kantonalen und kommunalen Steuern. Die Begründung führte jedoch aus, dass der Begriff des Reingewinns, der als Grundlage für die Besteuerung von juristischen Personen dient und Teil des…