Fatti
L'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) ha emesso il 15 dicembre 1998 nei confronti di [X.] una fattura integrativa di Fr. ... per il periodo dal primo trimestre 1995 al quarto trimestre 1996. Il contribuente ha presentato un'opposizione il 29 gennaio 1999 e ha riconosciuto il 21 dicembre 2001 il metodo di calcolo scelto dall'AFC e la stima del consumo proprio dell'industria edilizia, riservandosi tuttavia l'inclusione degli interessi di costruzione nella base imponibile.
L'AFC ha emesso il 22 ottobre 2001 fatture integrative per il periodo dal primo trimestre 1995 al quarto trimestre 2000 e per i primi due trimestri del 2001. Il contribuente ha saldato queste fatture senza ritirare la riserva. Il 13 aprile 2005 e il 23 agosto 2005, il contribuente ha chiesto il rimborso dell'imposta (di consumo proprio) pagata in eccesso per gli anni 1995-2004.
L'AFC ha respinto la richiesta di rimborso, poiché il contribuente avrebbe implicitamente ritirato la riserva. Il Tribunale amministrativo federale ha annullato la decisione di opposizione e ha rinviato la causa alla autorità inferiore per emettere una nuova decisione di opposizione.
Legge
Il Tribunale federale esamina la competenza e le condizioni di ammissibilità d'ufficio. Il ricorso è diretto contro una decisione del Tribunale amministrativo federale in una materia di diritto pubblico e può quindi essere impugnata con un ricorso in materia di diritto pubblico.
Il Tribunale federale applica il diritto d'ufficio e esamina le censure sollevate. L'AFC solleva la censura che l'autorità inferiore abbia stabilito in modo manifesto erroneo il fatto rilevante. L'autorità inferiore ha stabilito che il contribuente avesse mantenuto la riserva sollevata il 21 dicembre 2001 e che, inoltre, riteneva che la riserva avesse oggettivamente coperto non solo gli interessi sul capitale proprio ma anche quelli sul capitale altrui.
Il…