Sachverhalt
Die [X.] Holding AG, eine schweizerische Gesellschaft, legte Beschwerde gegen das Urteil des Verwaltungsgerichts des Kantons Zürich vom 21. September 2011 ein, welches ihre Veranlagung zur direkten Bundessteuer für die Jahre 2003 und 2004 betraf. Die Beschwerdeführerin machte geltend, dass die Vorinstanz zu Unrecht eine verdeckte Gewinnausschüttung angenommen und den Beteiligungsabzug zu niedrig berechnet hatte.
Die [X.] Holding AG war an der [Y. AG] , einer deutschen Gesellschaft, beteiligt. Im Jahr 2003 verkaufte die [X. GmbH] , eine Tochtergesellschaft der [X.] Holding AG, Aktien der [Y. AG] an einen US-Investor. Der Kaufpreis umfasste auch den Anspruch auf die Dividende für das Jahr 2003. Die [X.] Holding AG erhielt von der [Y. AG] eine Dividende, die sie als Beteiligungsertrag geltend machte.
Das Bundesgericht hatte zu entscheiden, ob die Vorinstanz zu Recht eine verdeckte Gewinnausschüttung angenommen und den Beteiligungsabzug zu niedrig berechnet hatte.
Erwägungen
Das Bundesgericht prüfte die Frage, ob die Vorinstanz zu Recht eine verdeckte Gewinnausschüttung angenommen hatte. Es stellte fest, dass die [X. GmbH] beim Verkauf der Aktien an ihre Gruppengesellschaften auf den Zusatzkaufpreis verzichtet hatte, der bei einem Direktverkauf an den US-Investor angefallen wäre. Dies stelle eine geldwerte Leistung dar, die als verdeckte Gewinnausschüttung zu qualifizieren sei.
Das Bundesgericht prüfte weiter, ob die Vorinstanz den Beteiligungsabzug zu niedrig berechnet hatte. Es stellte fest, dass die Beschwerdeführerin nicht nachgewiesen hatte, dass die Vorinstanz die Sachverhaltsfeststellungen offensichtlich unrichtig getroffen hatte. Das Bundesgericht war daher an diese Feststellungen gebunden.
Das Bundesgericht prüfte schließlich,…