Sachverhalt
Das kantonale Steueramt Zürich hatte die [X. GmbH] für die Staats- und Gemeindesteuern sowie die direkte Bundessteuer des Jahres 2004 je nach pflichtgemässem Ermessen mit einem steuerbaren Reingewinn von 35'000 Franken und einem steuerbaren Eigenkapital von 20'000 Franken veranlagt, nachdem sie trotz Mahnung keine Steuererklärung eingereicht hatte. Die [X. GmbH] erhob Einsprache gegen diese Veranlagungsverfügungen, die jedoch von der Steuerverwaltung nicht eingetreten wurde, weil die beigelegte Steuererklärung 2004 und die Jahresrechnung 2004 nicht gehörig unterzeichnet waren.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hiess die Beschwerden der [X. GmbH] teilweise gut und wies die Sache zur Durchführung des Einspracheverfahrens an die Steuerverwaltung zurück. Das kantonale Steueramt Zürich erhob Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten gegen diese Entscheide beim Bundesgericht.
Erwägungen
Das Bundesgericht vereinigte die beiden Verfahren 2C_620/2007 und 2C_621/2007 wegen ihres engen Zusammenhangs. Die Beschwerdegegnerin hatte nicht nur die Abweisung der Beschwerden beantragt, sondern auch eine Abänderung des Kostenspruchs der beiden Verwaltungsgerichtsentscheide zu ihren Gunsten verlangt. Diesen Antrag konnte sie jedoch nicht im Rahmen ihrer Vernehmlassung stellen, sondern hätte ihn mittels einer eigenen Beschwerde ins Verfahren einbringen müssen.
Die Veranlagungsbehörde nimmt die Veranlagung nach pflichtgemässem Ermessen vor, wenn der Steuerpflichtige trotz Mahnung seine Verfahrenspflichten nicht erfüllt hat oder die Steuerfaktoren mangels zuverlässiger Unterlagen nicht einwandfrei ermittelt werden können. Eine solche Ermessensveranlagung kann nur wegen offensichtlicher Unrichtigkeit angefochten werden, wobei die Einsprache zu begründen ist und allfällige Beweismittel nennen muss.
Die Steuererklärung ist vom Pflichtigen persönlich zu unterzeichnen, die Unterschrift eines vertraglichen Vertreters…