Fatti
Negli anni '50 e '60 è stata estratta ghiaia nell'area di Oberfeld a Kloten fino al di sotto della falda freatica. Tra il 1956 e il 1968 la cava di ghiaia è stata riempita gradualmente con materiale di scavo, macerie edili, rifiuti industriali e commerciali. L'area è stata registrata nel catasto dei siti sospetti di contaminazione del Cantone di Zurigo come area di discarica sospetta D.2.
Durante i lavori di scavo per la nuova costruzione di un edificio commerciale della X. AG in una parte del sito di deposito (particella n. 3857), nel giugno 2001 sono stati rilevati residui di batterie. L'indagine dettagliata ha concluso che le aree con residui di batterie dovevano essere classificate come bisognose di bonifica.
La X. AG ha presentato all'AWEL un progetto di bonifica per la bonifica della sua particella, che prevedeva la rimozione completa dei residui di batterie. Con decisione del 19 luglio 2002, l'AWEL ha approvato l'obiettivo e il progetto di bonifica.
Il 24 giugno 2007, l'AWEL ha presentato all'Ufficio federale dell'ambiente (UFAM) una richiesta di indennizzo del 40% dei costi di bonifica per la parte della X. AG. L'UFAM ha respinto la richiesta con decisione del 9 novembre 2011.
Sia la X. AG che il Cantone di Zurigo hanno presentato ricorso contro questa decisione al Tribunale amministrativo federale. Quest'ultimo ha respinto il ricorso il 26 novembre 2012.
Successivamente, la X. AG e il Cantone di Zurigo hanno presentato ricorso per questioni di diritto pubblico al Tribunale federale.
Legge
Il Tribunale federale constata innanzitutto che il ricorso è ammissibile, in quanto in presenza dei presupposti sussiste un diritto legale all'indennizzo.
È applicabile il diritto vigente al momento della bonifica nel 2002, ovvero la versione allora in vigore dell'art. 32e LPAmb, l'aVASA e l'OCS.
Il…