Fatti
La Fondazione Cassa Pensioni X. con sede a A./ZH ha lo scopo di previdenza professionale nell'ambito della LPP. La Società Y. AG con sede nello stesso luogo è una filiale interamente controllata dalla Fondazione e gestisce immobili. Insieme formano il gruppo IVA "Cassa Pensioni X.", iscritto nel registro dei soggetti passivi IVA a partire dal 1° gennaio 1995.
L'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) ha informato i due membri dell'imminente cancellazione del gruppo dal registro dei soggetti passivi IVA. Ciò è stato motivato dal fatto che gli istituti di previdenza professionale sono esclusi dalla partecipazione a un gruppo IVA ai sensi dell'art. 16 cpv. 3 dell'Ordinanza sull'imposta sul valore aggiunto del 27 novembre 2009. Con decisione del 21 novembre 2011, l'AFC ha cancellato il gruppo a partire dalla fine del 2011.
Legge
Il Tribunale federale ha esaminato se l'art. 16 cpv. 3 dell'Ordinanza sull'IVA del 2009 possa essere considerato un'ordinanza esecutiva la cui base si desume direttamente dall'art. 182 cpv. 2 Cost. È giunto alla conclusione che la norma controversa supera i limiti di una mera ordinanza esecutiva e viola il principio della separazione dei poteri.
Il Tribunale federale ha affermato che gli istituti di previdenza professionale dispongono di un ambito di autonomia nell'ambito dei requisiti legali. L'esternalizzazione di compiti a una filiale interamente controllata o detenuta a maggioranza qualificata non deve necessariamente essere in contrasto con l'obiettivo principale…