Fatti
Il ricorrente [X.] gestisce un'azienda agricola ad Appenzell Ausserrhoden. Il 5 maggio 2010 si è svolto un controllo non annunciato da parte dell'ufficio veterinario cantonale e dell'ufficio agricolo, nel corso del quale sono stati riscontrati diversi problemi. Un controllo successivo il 15 giugno 2010 ha nuovamente rilevato carenze nell'allevamento degli animali. Il veterinario cantonale ha effettuato un ulteriore controllo non annunciato il 23 febbraio 2011 e ha nuovamente riscontrato diverse carenze.
Il ricorrente è stato accusato di maltrattamento di animali, violazione della legge sulla protezione degli animali, violazione della legge sulle epizoozie, violazione della legge sulla protezione delle acque e disobbedienza alle disposizioni ufficiali. Il giudice unico del tribunale cantonale di Appenzell Ausserrhoden lo ha riconosciuto parzialmente colpevole e lo ha condannato a una multa e a una pena pecuniaria. Il tribunale d'appello del cantone di Appenzell Ausserrhoden ha confermato questa sentenza.
Il ricorrente presenta ricorso in materia penale e chiede l'annullamento della sentenza del tribunale d'appello e l'assoluzione da tutte le accuse.
Legge
1. Non entrata in materia del ricorso
Il Tribunale federale si basa sulla constatazione dei fatti operata dall'autorità inferiore e la esamina solo per quanto riguarda l'arbitrarietà. L'eccezione di arbitrarietà deve essere sollevata espressamente nel ricorso e motivata in modo sostanziale.
2. Condanne per maltrattamento di animali e violazione della legge sulla protezione degli animali
Il ricorrente sostiene che le condanne violano il diritto federale. Una trascuratezza, maltrattamento o sfruttamento degli animali ai sensi dell'art. 26 cpv. 1 lett. a della legge sulla protezione degli animali deve essere accompagnato da una violazione della dignità dell'animale.
L'autorità inferiore ha stabilito che il ricorrente non ha curato e trattato gli animali in modo…