Sachverhalt

Die Beschwerdeführer, [A.X.] und die Erbengemeinschaft der verstorbenen [B.X.] , sind als Liegenschaftenhändler in mehreren Kantonen tätig. Im Jahr 2003 erzielten sie aus der Veräusserung von Liegenschaften im Kanton Zürich Grundstückgewinne, die sie in ihrer Buchhaltung mit Fr. 13'954'640 auswiesen. Die Gewinne wurden durch die zuständigen kommunalen Grundsteuerkommissionen mit der zürcherischen Grundstückgewinnsteuer erfasst. Im Jahr 2003 veräusserten die Beschwerdeführer zudem ihren Anteil von einem Drittel an einer Überbauung in [M.] , Kanton Aargau, für Fr. 51'474'056 an ihre Mitgesellschafter.

Das Kantonale Steueramt Zürich schätzte die Beschwerdeführer für die zürcherischen Staats- und Gemeindesteuern 2003 mit einem steuerbaren Einkommen von Fr. 496'300 und einem steuerbaren Vermögen von Fr. 41'439'000 ein. In der interkantonalen Steuerausscheidung anerkannte das Kantonale Steueramt von den geltend gemachten Vorjahresverlusten von insgesamt Fr. 4'099'151 einen Anteil von Fr. 740'723 zu Lasten des Hauptsteuerdomizils [L.] , den überwiegenden Verlustanteil von Fr. 3'197'599 wies es dem Kanton Aargau zu.

Die Beschwerdeführer führten Beschwerde gegen die Veranlagung des Kantons Aargau und machten geltend, dass der Kanton Aargau die im Kanton Zürich angefallenen Grundstückgewinne für die Satzbestimmung vollumfänglich berücksichtigt und den im Kanton Zürich verbleibenden Vorjahresverlust nur quotal übernommen habe. Sie beantragten, das steuerbare Einkommen sei auf Fr. 4'443'821 herabzusetzen.

Das Verwaltungsgericht des Kantons Aargau wies die Beschwerde ab. Die Beschwerdeführer führten daraufhin Beschwerde beim Bundesgericht und machten geltend, dass der Kanton Zürich die zürcherischen Grundstückgewinne in der interkantonalen Steuerausscheidung nicht berücksichtigt habe und dass dies zu einer Doppelbesteuerung führe.

Erwägungen

1. Zulässigkeit der Beschwerde

Die Beschwerde gegen den Entscheid des Verwaltungsgerichts des Kantons Aargau ist zulässig. Die Beschwerdeführer sind durch den angefochtenen Entscheid betroffen und zur Beschwerde legitimiert. Die Beschwerde erfüllt die formellen Anforderungen und ist rechtzeitig.

2. Interkantonale Doppelbesteuerung

Das Bundesgericht prüft, ob eine interkantonale Doppelbesteuerung vorliegt. Eine solche liegt vor, wenn eine steuerpflichtige Person von zwei oder mehreren Kantonen für das gleiche Steuerobjekt und für die gleiche Zeit zu…