Fatti
La [X. AG] in liquidazione, una società con sede in [A.] , è stata registrata il 1° gennaio 1995 con il numero [U.] nel registro delle società tenute all'imposta sul valore aggiunto. La società aveva come scopo statutario l'acquisto, l'edificazione, la gestione e la vendita di immobili situati in Svizzera, nonché di proprietà residenziali e commerciali come appaltatore generale.
Nel periodo dal 15 al 19 giugno 2009, l'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) ha condotto un controllo presso la [X. AG] . La verifica dei periodi di imposta dal 1° gennaio 2005 al 31 dicembre 2008 ha portato, il 10 novembre 2009, all'emissione di conti supplementari per Fr. 1'187'466.-- e Fr. 900'392.--, più interessi di mora a partire dal 31 agosto 2007.
La [X. AG] ha presentato un'opposizione contro le decisioni, che è stata respinta dall'AFC. Il Tribunale amministrativo federale ha respinto il ricorso presentato contro di essa. La [X. AG] ha quindi presentato un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale.
Legge
Il Tribunale federale ha esaminato la propria competenza e l'ammissibilità del ricorso d'ufficio. Il ricorso in materia di diritto pubblico è ammesso contro le decisioni del Tribunale amministrativo federale nel campo dell'imposta sul valore aggiunto.
Il Tribunale federale ha applicato il diritto di principio d'ufficio e ha esaminato le decisioni impugnate solo per violazioni di diritto che la ricorrente ha fatto valere. La ricorrente ha fatto valere una violazione del diritto federale, in quanto la sentenza dell'istanza precedente le impediva di correggere la propria autodenuncia e il metodo scelto dall'AFC non portava a un…