Sachverhalt
Parteien und Verfahrensgang:
Die A. GmbH (nachfolgend: die Steuerpflichtige) ist eine Gesellschaft mit statutarischem Sitz zunächst in U./LU, ab 14. Dezember 2020 in V./ZG. Ihr Alleingesellschafter und Geschäftsführer B. hatte seinen Wohnsitz während der Steuerperioden 2012 bis 2018 in W./ZH bzw. X./ZH. Die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern (KSTV/LU) veranlagte die Steuerpflichtige für die Steuerperioden 2014 bis 2017 zu den Staats- und Gemeindesteuern des Kantons Luzern sowie zur direkten Bundessteuer. Die Veranlagungsverfügungen erwuchsen in Rechtskraft. Für die Steuerperiode 2018 sistierte der Kanton Luzern das Veranlagungsverfahren aufgrund eines möglicherweise kollidierenden Steueranspruchs des Kantons Zürich.
Der Kanton Zürich beanspruchte erstmals am 23. Dezember 2019 seine Steuerhoheit über die Steuerpflichtige und erliess am 31. Januar 2020 eine Feststellungsverfügung, wonach er ab der Steuerperiode 2014 die Steuerhoheit beanspruche. Der Einspracheentscheid vom 15. Mai 2020 gegen diese Verfügung erwuchs in formelle Rechtskraft. Anschliessend veranlagte der Kanton Zürich die Steuerperioden 2014 bis 2018 zu den Staats- und Gemeindesteuern, nicht jedoch zur direkten Bundessteuer. Die Steuerpflichtige erhob Einsprache gegen diese Veranlagungsverfügungen, woraufhin das Steueramt des Kantons Zürich mit Einspracheentscheid vom 7. Januar 2021 auf die Einsprache nicht eintrat. Es begründete dies damit, dass die Steuerpflichtige den Einspracheentscheid vom 15. Mai 2020 nicht angefochten habe, weshalb die beantragte Feststellung der fehlenden Steuerhoheit unzulässig sei. Ebenso wenig trat es auf die beantragte Beiladung des Kantons Luzern ein.
Die Steuerpflichtige erhob Rekurs an das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich, welches den Rekurs mit Entscheid vom 10. Mai 2021 abwies. Anschliessend gelangte sie mit Beschwerde an das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich, welches die Beschwerde mit Entscheid vom 12. Januar 2022 abwies. Mit Beschwerde vom 24. Februar 2022 erhob die Steuerpflichtige sodann Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht. Der Kanton Zürich beantragte die Abweisung der Beschwerde, während die Dienststelle Steuern des Kantons Luzern die Gutheissung der Beschwerde gegenüber dem Kanton Zürich beantragte und eventualiter die Abweisung der Beschwerde gegenüber dem Kanton Luzern.
Rechtsfragen: Die Beschwerde betrifft die Bindungswirkung eines formell rechtskräftigen Steuerdomizilentscheids des Kantons Zürich sowie die prozessuale Verwirkung der Einrede der fehlenden Steuerhoheit. Zudem geht es um die Zulässigkeit der Beschwerde gegen nicht letztinstanzliche kantonale Entscheide in Doppelbesteuerungssachen.
Erwägungen
1. Zulässigkeit der Beschwerde und prozessuale Verwirkung:
Das Bundesgericht prüft zunächst die Zulässigkeit der Beschwerde. Da das Steueramt des Kantons Zürich auf die Einsprache der Steuerpflichtigen nicht eingetreten war, beschränkte sich der Streitgegenstand auf die Eintretensfrage. Mangels eines kantonal letztinstanzlichen Entscheids, der sich wenigstens vorfrageweise zur subjektiven Steuerpflicht und zum Steuerdomizil der Steuerpflichtigen äussert und tatsächliche Feststellungen dazu enthält, kann das Bundesgericht die inhaltliche Richtigkeit der Veranlagungen des Kantons Zürich derzeit nicht beurteilen. Die Eventualanträge der Steuerpflichtigen gegen den Kanton Luzern erweisen sich daher als unzulässig, da kein Verzicht auf das Erfordernis der kantonalen Letztinstanzlichkeit vorliegt. Auf diese Anträge ist nicht einzutreten. Ebenso wenig ist auf die vom Kanton Luzern gegenüber dem Kanton Zürich erhobene Verwirkungseinrede einzugehen.
2. Bindungswirkung formell rechtskräftiger Steuerdomizilentscheide:
Das Bundesgericht ändert seine bisherige Rechtsprechung zur Bindungswirkung formell rechtskräftiger Steuerdomizilentscheide. Ein positiver Steuerdomizilentscheid, mit dem ein Kanton seine Steuerhoheit feststellt, ist als Vor- oder Zwischenentscheid über die Zuständigkeit zu qualifizieren. Solche Entscheide entfalten zwar keine materielle Rechtskraft, führen jedoch zu einer prozessualen Verwirkung der Einrede der Unzuständigkeit, sofern sie nicht angefochten werden. Die Steuerpflichtige hat jedoch keinen Anspruch auf einen Steuerdomizilentscheid, wenn sie die Steuerpflicht in einem Kanton in Kenntnis des kollidierenden Steueranspruchs eines anderen Kantons vorbehaltlos anerkannt hat. Dies gilt unabhängig davon, ob der Kanton die Steuerhoheit separat festgestellt oder in der Veranlagungsverfügung vorfrageweise entschieden hat.
3. Keine Bindung des Bundesgerichts auf materiell-rechtlicher Ebene:
Das Bundesgericht ist nicht an die materiell-rechtlichen Feststellungen eines formell rechtskräftigen Steuerdomizilentscheids gebunden. Eine solche Bindung wäre mit dem heutigen Prozessrecht und der Steuerharmonisierung unvereinbar. Das Bundesgericht…