Sachverhalt

Die Pensionskasse A. (Beschwerdegegnerin) ist eine Stiftung mit Sitz in U., die die berufliche Vorsorge für Arbeitnehmer der B. AG und verbundener Unternehmen durchführt. Sie übertrug im Jahr 2012 ihr gesamtes Immobilienportfolio (u.a. fünf Liegenschaften in Zürich) an die Zürich Anlagestiftung (übernehmende Stiftung), die ausschliesslich der kollektiven Anlage von Vorsorgevermögen der 2. Säule dient und steuerbefreit ist. Die Entschädigung erfolgte durch Ausgabe von nennwertlosen und unentziehbaren Ansprüchen an der Anlagegruppe "I." im Gesamtwert von Fr. 48'621'000.-.

Das Steueramt der Stadt Zürich lehnte mit Veranlagungsbeschluss vom 1. März 2016 einen Steueraufschub für den Grundstückgewinn ab und setzte die Steuer auf Fr. 1'126'448.- fest. Die dagegen erhobene Einsprache der Pensionskasse wurde mit Beschluss vom 22. August 2019 abgewiesen. Das Steuerrekursgericht des Kantons Zürich sowie das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich hoben diese Entscheidungen auf und gewährten den Steueraufschub. Das kommunale Steueramt der Stadt Zürich erhob daraufhin Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht und beantragte die Aufhebung des Urteils des Verwaltungsgerichts sowie die Festsetzung der Grundstückgewinnsteuer.

Erwägungen

Das Bundesgericht prüfte, ob die Übertragung der Immobilien von der Pensionskasse auf die Anlagestiftung als "Aufteilung" im Sinne von Art. 80 Abs. 4 Satz 2 BVG zu qualifizieren ist und damit einen Steueraufschub rechtfertigt. Dabei wurde zunächst festgestellt, dass sowohl Art. 24 Abs. 3 StHG (bzw. die kantonale Umsetzungsvorschrift § 216 Abs. 3 lit. d StG/ZH) als auch Art. 80 Abs. 4 Satz 2 BVG als mögliche Rechtsgrundlagen für einen Steueraufschub in Betracht kommen. Der Gesetzgeber beabsichtigte jedoch, dass Art. 80 Abs. 4 Satz 2 BVG gegenüber den späteren Bestimmungen des StHG eine eigenständige Bedeutung behält und ohne Rückgriff auf einschränkende Voraussetzungen der kantonalen Regelungen auszulegen ist. Dies ergibt sich aus der Entstehungsgeschichte und der Botschaft zum FusG, in der klargestellt wurde, dass die Steuerneutralität der Spaltung direkt aus Art. 80 Abs. 4 BVG folgt, ohne dass es auf eine Betriebsklausel ankommt.

Der Begriff der "Aufteilung" in Art. 80 Abs. 4 Satz 2 BVG ist nicht auf bestimmte Umstrukturierungsformen wie Teil- oder Vollliquidationen beschränkt. Entscheidend ist, dass der Immobilienbestand weiterhin dem Vorsorgezweck verhaftet bleibt. Dies ist der Fall, wenn die übertragenen Liegenschaften weiterhin im Rahmen der beruflichen Vorsorge genutzt werden, auch wenn sie nun indirekt über die Anlagestiftung gehalten werden. Die Pensionskasse bleibt wirtschaftlich an den Erträgen der Immobilien beteiligt, und die Rechte der Versicherten sind gewahrt. Zudem dient die Transaktion der Optimierung der Vermögensverwaltung, der Risikostreuung und der Erzielung eines angemessenen Ertrags, was den Anlagegrundsätzen nach Art. 71 Abs. 1 BVG entspricht.

Das Steueramt der Stadt Zürich argumentierte, dass Art. 80 Abs. 4 BVG nur bei Teilliquidationen oder Gesamtliquidationen anwendbar sei.…