Fatti
Il Comune politico di Wil (ricorrente 1) e la Fondazione Scuola St. Katharina (ricorrente 2, fondazione di diritto privato) hanno proposto ciascuno un ricorso in materia di diritto pubblico contro la sentenza del Tribunale amministrativo del Cantone di San Gallo, Sezione III, del 17 dicembre 2019 (B 2019/144). Oggetto è il Supplemento I al contratto scolastico per la gestione di una scuola secondaria femminile (Kathi).
Il 30 ottobre 1996 il Convento di St. Katharina (corporazione di diritto pubblico) e il Comune di Wil hanno stipulato un contratto scolastico, approvato dal Consiglio amministrativo cattolico e dal Dipartimento dell'educazione. Il Comune si è assunto le tasse scolastiche per le ragazze di Wil; il Kathi ha inoltre accolto allieve private provenienti da altri comuni. All'inizio del 2012 la fondazione di diritto privato Scuola St. Katharina ha assunto la gestione della scuola.
L'11 febbraio 2016 il Consiglio comunale di Wil ha approvato un accordo modificato (Supplemento I), in base al quale la fondazione avrebbe rilevato il contratto scolastico, l'accoglienza di ragazze di Wil sarebbe stata limitata al 70 % e al Comune sarebbe stato riconosciuto il diritto di selezione. Non è stato lanciato alcun referendum.
Tre aventi diritto di voto ([B.] , [A.] e il partito [C.] ) hanno presentato il 25 febbraio 2016 un ricorso in materia di votazioni al Dipartimento dell'interno. Dopo diverse fasi procedurali, il Dipartimento ha respinto il ricorso il 2 luglio 2019. Il Tribunale amministrativo ha accolto il ricorso proposto contro tale decisione il 17 dicembre 2019, poiché le delibere parlamentari erano prive di una base giuridica.
Con ricorsi del 3 febbraio 2020, il Comune di Wil e la fondazione hanno chiesto l'annullamento della decisione precedente, in via subordinata il rinvio. Le controparti hanno chiesto il rigetto. Il Tribunale federale ha accolto le domande processuali di frequenza scolastica gratuita per la durata del procedimento con ordinanza presidenziale del 17 febbraio 2020.
Diritto
I due procedimenti 2C_136/2020 e 2C_137/2020 sono stati riuniti, poiché si fondano sugli stessi fatti e sono diretti contro la stessa sentenza (art. 71 LTF in combinato disposto con l'art. 24 PC). Il ricorso del Comune di Wil è ammissibile: il Comune, quale titolare dell'autonomia tutelata dal diritto costituzionale, è legittimato a ricorrere (art. 89 cpv. 2 lett. c LTF); se l'autonomia effettivamente sussista è una questione di merito. La fondazione, in quanto parte contrattuale e partecipante al procedimento precedente, che è soccombente, è anch'essa legittimata a ricorrere (art. 89 cpv. 1 LTF). Non si tratta di ricorsi in materia di votazioni ai sensi dell'art. 82 lett. c LTF, bensì di ricorsi contro la legittimità sostanziale della delibera (art. 82 lett. b LTF).
Nel settore della scuola dell'obbligo il Comune dispone di un'autonomia relativa: la scuola rientra in linea di principio nella competenza cantonale (art. 62 cpv. 1 Cost.), ma non esistono norme di diritto federale o cantonale che escludano il trasferimento di compiti della scuola dell'obbligo a privati e il loro sostegno finanziario da parte dei Comuni. La Costituzione cantonale riconosce il diritto di fondare e gestire scuole private (art. 3 lett. a Cost./SG), e l'art. 24 Cost./SG consente il sostegno a privati per compiti di interesse pubblico. Il Comune va quindi considerato autonomo in questo ambito (art. 89 Cost./SG).
La delega della gestione delle classi regolari della scuola secondaria pubblica a un ente privato richiede una base legale in senso formale sufficientemente determinata. La convenzione è un contratto di prestazione di diritto pubblico. L'esternalizzazione di compiti statali a privati deve fondarsi su una norma giuridica emanata dall'organo competente e, per le disposizioni importanti, su una norma generale e astratta sufficientemente determinata in forma di legge (DTF 136 II 415 consid. 2.6.1). La convenzione è importante, poiché tocca posizioni di diritti fondamentali delle allieve di Wil (condizioni discriminatorie di accesso, diritto a un insegnamento confessionalmente neutro ai sensi dell'art. 15 cpv. 3 Cost.) e può incidere finanziariamente sulla scuola pubblica. Inoltre l'art. 25 cpv. 3 Cost./SG esige un ancoraggio in forma di legge delle condizioni per il trasferimento di compiti a privati. Il richiamo a una prassi cantonale consolidata non…