Fatti
La ricorrente, [A. SA] , società che ha per scopo l'esercizio di attività di architettura e informatica nonché di attività immobiliari, contesta un comunicato stampa del dipartimento cantonale del territorio (DT) della Repubblica e Cantone di Ginevra, pubblicato il 28 novembre 2019 sul sito Internet dello Stato, intitolato « Zona villini: congelamento delle deroghe concernenti la densità ». Tale comunicato annuncia che il DT non concederà più deroghe per i progetti di densificazione in zona villini ai sensi dell'art. 59 cpv. 4 LCI, fino al completamento di una strategia di densificazione comunale (aggiornamento dei piani direttori comunali, gruppo di lavoro Cantone-Comuni, aggiornamento delle schede A03 e A04 del piano direttore cantonale).
La ricorrente ha adito la Camera costituzionale della Corte di giustizia ginevrina, ritenendo che il comunicato fosse un'ordinanza amministrativa interpretativa che violava l'art. 59 cpv. 4 LCI, i principi del parallelismo delle forme, della proporzionalità e della buona fede, nonché la libertà economica.
Con sentenza del 19 giugno 2020, la Camera costituzionale ha dichiarato il ricorso inammissibile: il comunicato era una semplice informazione su un cambiamento di prassi, non destinata ai servizi dello Stato, e i rifiuti di deroga potevano essere impugnati con le vie ordinarie; inoltre, la Camera costituzionale conosce soltanto degli atti normativi cantonali.
Parallelamente, la ricorrente ha proposto direttamente un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale contro il comunicato (causa 1C_676/2019, procedura sospesa e poi ripresa), nonché un ricorso contro la sentenza cantonale (causa 1C_454/2020), invocando una violazione del diritto di essere sentiti (mancata presa in considerazione di uno scritto del 15 maggio 2020) e l'arbitrio nell'applicazione dell'art. 130B cpv. 1 lett. a OG/GE. Il Consiglio di Stato conclude per l'inammissibilità, in subordine per il rigetto. Le cause sono state riunite.
Il Tribunale federale, I Corte di diritto pubblico, composto dai giudici federali Kneubühler (presidente), Jametti e Merz, cancelliere Kurz, ha pronunciato la sua sentenza il 23 marzo 2021.
Diritto
Il Tribunale federale riunisce le due cause, che concernono il medesimo contesto e questioni analoghe. La questione della natura del comunicato, ossia se si tratti di atto normativo ai sensi dell'art. 82 lett. b LTF, è determinante per l'ammissibilità del primo ricorso e per il merito del secondo. Il Tribunale lascia indecisi la legittimazione ricorsuale e l'interesse attuale della ricorrente, tenuto conto della revoca del congelamento annunciata dal DT e della modifica legislativa entrata in vigore il 28 novembre 2020.
Un atto normativo è un atto generale e astratto che incide sulla situazione giuridica dei privati o disciplina l'organizzazione delle autorità. Le ordinanze amministrative, destinate al funzionamento interno dell'amministrazione e volte a un'applicazione uniforme del diritto o all'esercizio del potere di apprezzamento, non rientrano in tale nozione. Possono eccezionalmente essere impugnate soltanto seispiegano effetti esterni e se la loro applicazione non può tradursi in una decisione formale efficacemente impugnabile dall'amministrato che invoca i propri diritti fondamentali.
Il Tribunale federale rileva che il comunicato non è indirizzato ai servizi subordinati, essendo il DT stesso competente a concedere le deroghe; si tratta piuttosto di un'informazione su un cambiamento di prassi già deciso. La questione può tuttavia rimanere indecisa, poiché la seconda condizione non è manifestamente adempiuta: un rifiuto di deroga fondato sulla nuova prassi può essere impugnato dinanzi al Tribunale amministrativo di prima istanza (art. 145 LCI), poi alla Camera amministrativa (art. 149 LCI), e in caso di rifiuto o ritardo nel decidere secondo l'art. 4 cpv. 4 LPAn, il che assicura una protezione giuridica immediata ed efficace fino al Tribunale federale. Il fatto che la ricorrente, prestatrice di servizi, non abbia la legittimazione a ricorrere non è determinante, potendo agire il mandante. Il ricorso diretto contro il comunicato (1C_676/2019) è quindi inammissibile.
Per quanto riguarda il ricorso contro la sentenza cantonale (1C_454/2020), il Tribunale federale constata che l'indicazione dell'assenza di replica della ricorrente è manifestamente inesatta, essendo lo scritto del 15 maggio 2020 stato trasmesso al Consiglio di Stato a…