Fatti

La presente causa contrappone la Cassa nazionale svizzera di assicurazione contro gli infortuni (CNA), ricorrente, a una società a responsabilità limitata (la Sàrl) e al suo socio unico e gerente, intimati e rappresentati da un avvocato. La controversia verte sulla qualificazione, come lavoratore dipendente o indipendente, dell'attività svolta dal socio nei confronti della Sàrl a partire dal 1° gennaio 2014, nell'ambito dell'assicurazione obbligatoria contro gli infortuni (art. 1a LAINF).

Secondo il registro di commercio, l'intimato gestisce dal novembre 1996 un'impresa individuale che ha per scopo il commercio e la riparazione di motociclette e ciclomotori. Nel 2009 ha fondato da solo la Sàrl, di cui è l'unico socio gerente con firma individuale, avente per scopo il commercio, l'acquisto, la vendita, la riparazione e la locazione di motociclette, cicli, accessori e pezzi di ricambio. Dal 1° aprile 2009 la Sàrl ha rilevato l'impresa individuale; la Sàrl impiegava tre dipendenti, mentre l'intimato ha dichiarato di non essere dipendente della Sàrl. Le fatture di premi definitive dal 2009 al 2013 sono state emesse di conseguenza.

Nel luglio 2014 la CNA ha ritenuto che l'intimato non soddisfacesse le condizioni di un'attività indipendente e dovesse essere assicurato in qualità di socio che lavora nell'azienda. Con decisione del 23 luglio 2014, confermata su opposizione il 3 dicembre 2014, ha accertato un'attività dipendente a partire dal 1° gennaio 2014. Tale decisione è stata annullata dalla Camera delle assicurazioni sociali della Corte di giustizia del Cantone di Ginevra. Una nuova decisione del 19 settembre 2016, confermata su opposizione il 28 dicembre 2017, ha nuovamente accertato un'attività dipendente presso la Sàrl a partire dal 1° gennaio 2014. Sono state inoltre emesse fatture di premi dopo revisione (2014 e 2015), fondate su un salario lordo stimato di 5600 fr. al mese.

Con sentenza del 13 febbraio 2019 (A/409/2018 ATAS/107/2019), la corte cantonale ha accolto il ricorso dell'intimato e annullato la decisione su opposizione del 28 dicembre 2017. La CNA propone un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo l'annullamento della sentenza nella parte in cui riconosce all'intimato lo statut o di indipendente, e la conferma della decisione su opposizione. La Sàrl chiede il rigetto del ricorso; l'autorità precedente e l'Ufficio federale della sanità pubblica hanno rinunciato a pronunciarsi.

Diritto

Il ricorso, diretto contro una sentenza finale resa in materia di diritto pubblico da un'autorità cantonale di ultima istanza, è ammissibile (art. 90, 82 segg., 86 cpv. 1 lett. d, 100 e 42 LTF). Non vertendo la controversia sulla concessione o il rifiuto di prestazioni in denaro, l'eccezione dell'art. 105 cpv. 3 LTF non si applica; il Tribunale federale si fonda quindi sui fatti accertati dalla corte cantonale, salvo accertamenti manifestamente inesatti o violazione del diritto (art. 105 cpv. 1 e 2 LTF).

Nel merito, il lavoratore ai sensi dell'art. 1a LAINF è colui che esercita un'attività lucrativa dipendente ai sensi della legislazione AVS (art. 1 OAINF). La qualificazione dipende dalle circostanze economiche e non dalla natura giuridica del rapporto contrattuale. È dipendente colui che dipende da un datore di lavoro quanto all'organizzazione del lavoro e dal punto di vista economico e non sopporta il rischio dell'imprenditore; in caso di caratteristiche miste, occorre determinare quali elementi siano predominanti. Il gerente impiegato dalla propria società rimane formalmente dipendente, anche se detiene una posizione di azionista unico o maggioritario, ma occorre esaminare la sua influenza determinante sulla politica dell'impresa, tenendo conto in particolare della cerchia degli azionisti, della partecipazione al capitale, della composizione del consiglio di amministrazione, del grado di occupazione e della funzione nella società.

La corte cantonale ha ritenuto che l'intimato gestisse un'organizzazione commerciale in senso economico, a titolo individuale e poi per il tramite della Sàrl; che prendesse in locazione dei locali, avesse assunto e dichiarato del personale, agisse in nome e per conto proprio nei confronti della clientela secondo l'iscrizione nel registro di commercio, sopportasse da solo la perdita e i debiti della Sàrl (art. 794 CO) e definisse in modo autonomo la politica commerciale. Non dipendeva quindi da alcun datore di lavoro, né economicamente né nell'organizzazione del proprio lavoro, e sopportava il rischio…