Fatti

Il Consiglio comunale di Aarau ha constatato il 2 agosto 2016 che l'iniziativa popolare 'Freno all'indebitamento per la salvaguardia di un bilancio finanziario equilibrato della città di Aarau' è riuscita formalmente e materialmente. L'iniziativa aveva la forma di una proposta generica. Il Consiglio dei cittadini ha approvato l'iniziativa il 23 gennaio 2017 e ha stanziato un credito per l'elaborazione di una proposta.

Il Consiglio dei cittadini ha deciso il 25 marzo 2019 un completamento dello statuto comunale mediante un nuovo § 10f con un contenuto divergente dalla proposta del Consiglio comunale. La decisione era soggetta a referendum obbligatorio ed è stata pubblicata venerdì 29 marzo 2019 nel Foglio ufficiale del Cantone Argovia. La votazione referendaria si è svolta il 19 maggio 2019. La pubblicazione non conteneva alcun riferimento al fatto che si trattava di un progetto di attuazione di un'iniziativa popolare, né il testo dell'iniziativa.

I ricorrenti, un aventi diritto di voto e un membro del Consiglio dei cittadini, hanno presentato il 3 aprile 2019, dunque cinque giorni dopo la pubblicazione, ricorso in materia di diritti di voto presso il Consiglio di Stato, il quale ha trasmesso la causa al Dipartimento dell'economia e dell'interno (DEI). Hanno chiesto l'annullamento della decisione del Consiglio dei cittadini, un'istruzione al Consiglio dei cittadini per l'elaborazione di un progetto conforme all'iniziativa, nonché l'effetto sospensivo. Il Dipartimento ha respinto la domanda di effetto sospensivo il 9 aprile 2019. Gli aventi diritto di voto hanno accolto l'iniziativa il 19 maggio 2019 con 3'177 voti favorevoli contro 2'903 voti contrari.

Il DEI il 21 maggio 2019 non è entrato nel merito del ricorso per tardività, senza riscuotere spese. Il Tribunale amministrativo del Cantone Argovia, 2a Camera, ha respinto il ricorso di diritto amministrativo con sentenza WBE.2019.178 del 12 settembre 2019. I ricorrenti hanno quindi adito il Tribunale federale con ricorso in materia di diritto pubblico, chiedendo l'annullamento della sentenza precedente e il rinvio al DEI per la trattazione nel merito. Il Consiglio comunale ha chiesto il rigetto, così come il Tribunale amministrativo; il DEI ha rinunciato a prendere posizione.

Oggetto della contestazione dinanzi al Tribunale federale è unicamente la questione se il termine di ricorso di tre giorni secondo il § 68 cpv. 1 GPR/AG sia stato rispettato (art. 34 Cost.). Un procedimento parallelo 1C_556/2019 riguarda la medesima decisione del Consiglio dei cittadini.

Diritto

Il ricorso in materia di diritti politici secondo l'art. 82 lett. c LTF è ammissibile, poiché i ricorrenti fanno valere una violazione dei diritti politici. I ricorrenti sono legittimati in quanto aventi diritto di voto della città di Aarau ai sensi dell'art. 89 cpv. 3 LTF; la sentenza è pronunciata in ultima istanza cantonale (art. 88 LTF). Il Tribunale federale esamina liberamente l'interpretazione del diritto federale e l'interpretazione delle disposizioni cantonali in materia di diritti di voto ed elezioni (art. 95 lett. d LTF), mentre il restante diritto cantonale e comunale solo in punto all'arbitrio.

Una proposta generica è un mandato al Parlamento di elaborare un progetto di attuazione. Il progetto di attuazione può essere impugnato sotto il profilo dell'art. 34 cpv. 1 Cost. (attuazione insufficiente dell'iniziativa) e, qualora sia soggetto a referendum, dell'art. 34 cpv. 2 Cost. (falsificazione del risultato della votazione). La decisione impugnata del Consiglio dei cittadini, quale progetto di attuazione, costituisce la conclusione di una fase nel procedimento a più stadi; solo a questo momento può essere verificata giudizialmente la conformità con la proposta generica.

Secondo il § 65 cpv. 1 GPR/AG, per il ricorso in materia di diritti di voto vale un termine di decadenza di tre giorni (§ 68 cpv. 1 GPR/AG). Un tale termine non è di per sé incostituzionale, ma a causa della sua brevità deve essere applicato con larghezza: non deve rendere praticamente impossibile all'avente diritto di voto la proposizione del ricorso; la tempestiva riconoscibilità dei vizi deve essere garantita e non si devono porre requisiti severi alla motivazione. Il termine di tre giorni è concepito principalmente per i ricorsi in materia di elezioni e votazioni. Se esso sia ammissibile anche per la particolare forma del ricorso contro il progetto di attuazione, il Tribunale federale lascia aperto, poiché nelle circostanze date sussistono difficoltà.

Determinante per l'inizio del termine è, secondo il § 38 cpv. 3 OC, la data di pubblicazione (29 marzo 2019). Per la valutazione non è decisiva la conoscenza dei ricorrenti, in particolare il fatto che uno di loro fosse membro del Consiglio dei cittadini, bensì quella dell'avente diritto di voto medio; decisivo è se gli aventi diritto di voto nel loro insieme siano stati sufficientemente informati.

La pubblicazione ufficiale ha sì riprodotto alla lettera la decisione e ha indicato l'obbligo di referendum e la data della…