Fatti

Il ricorrente è proprietario di un fondo sito nella zona agricola a Rüti (ZH), sul quale ha realizzato senza autorizzazione un'area di parcheggio. Dopo una denuncia del controricorrente, l'Ufficio edilizio di Rüti lo ha invitato a ripristinare lo stato conforme al diritto. Il 27 febbraio 2017 ha chiesto una licenza edilizia a posteriori.

Con decisione complessiva del 17 novembre 2017 la Direzione edilizia del Cantone di Zurigo ha negato la licenza a posteriori. Con decisione del 22 gennaio 2018 la Commissione di pianificazione del territorio e di costruzione di Rüti ha confermato il rifiuto della licenza e ha annunciato che, una volta cresciuta in giudicato, avrebbe esaminato il ripristino dello stato conforme al diritto.

Il ricorrente ha presentato ricorso al Tribunale di ricorso in materia edilizia il 26 febbraio 2018. Il controricorrente è stato chiamato in causa con ordinanza presidenziale dell'8 marzo 2018; era controverso se la sua partecipazione fosse avvenuta tempestivamente. Il 15 agosto 2018 il Tribunale di ricorso in materia edilizia ha accolto il ricorso, ha annullato la decisione complessiva nel senso dei considerandi, rispettivamente l'ha adeguata, e ha annullato la decisione della Commissione edilizia. Ha invitato la Direzione edilizia a proseguire la procedura di licenza edilizia.

Il controricorrente ha impugnato questa decisione il 14 settembre 2018 dinanzi al Tribunale amministrativo del Cantone di Zurigo, chiedendo tra l'altro il ripristino dello stato conforme al diritto e un rapporto d'inchiesta. Con decisione del 22 agosto 2019 il Tribunale amministrativo ha limitato la procedura alla questione dell'entrata nel merito, ha riconosciuto la legittimazione ricorsuale del controricorrente, ma è entrato nel merito del ricorso solo nella misura in cui era chiesto l'annullamento della decisione del Tribunale di ricorso in materia edilizia; per il resto non è entrato nel merito.

Con ricorso in materia di diritto pubblico del 3 ottobre 2019 al Tribunale federale, il ricorrente ha chiesto che la decisione fosse annullata nella misura in cui era entrato nel merito del ricorso del controricorrente; in via subordinata, che la regolamentazione delle spese fosse rinviata o disciplinata direttamente. Il controricorrente e il Tribunale amministrativo hanno chiesto la reiezione, la Commissione di pianificazione del territorio e di costruzione di Rüti l'accoglimento; la Direzione edilizia ha rinunciato a formulare conclusioni.

Diritto

La decisione impugnata del Tribunale amministrativo è una decisione cantonale d'ultima istanza in materia edilizia, contro la quale è in linea di principio aperto il ricorso in materia di diritto pubblico ai sensi degli art. 82 segg. LTF. Il ricorrente ha partecipato al procedimento precedente ed è toccato nei suoi diritti di parte, per cui è legittimato ai sensi dell'art. 89 cpv. 1 LTF.

Il ricorso è ammissibile ai sensi dell'art. 90 LTF solo contro le decisioni finali. Una decisione incidentale è impugnabile solo se può causare un pregiudizio irreparabile (art. 93 cpv. 1 lett. a LTF) oppure se il suo accoglimento porterebbe immediatamente a una decisione finale e permetterebbe di risparmiare un notevole dispendio di tempo o di costi (art. 93 cpv. 1 lett. b LTF). Non è controverso che si tratti di una decisione incidentale, poiché il Tribunale amministrativo non ha ancora deciso nel merito della causa.

Non sussiste un pregiudizio irreparabile. Il…