Fatti

Il progetto CEVA (collegamento ferroviario Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse) prevede una nuova stazione alle Eaux-Vives, sul luogo della vecchia stazione, la cui sistemazione della piazza è oggetto di importanti lavori.

Il 24 luglio 2015, le Transports publics genevois (TPG), ricorrenti, hanno chiesto all'Ufficio federale dei trasporti (UFT) l'approvazione dei piani per una nuova fermata del tram sulla route de Chêne, all'altezza della stazione delle Eaux-Vives, e per un nuovo anello di inversione del tram in caso di incidenti di esercizio, passante per via di Savoia, in sostituzione dell'anello esistente sull'avenue de la Gare des Eaux-Vives. Il progetto si situa sul demanio pubblico del Comune di Ginevra e riguarda la linea di tram 12, tratta Roches-Amandolier.

Messo in inchiesta pubblica dal 2 al 31 ottobre 2015, il progetto ha suscitato l'opposizione di diversi residenti (di seguito: gli opponenti o [A.] e consorti), i quali non contestavano la nuova fermata del tram ma l'anello di inversione previsto in via di Savoia.

Il preavviso cantonale della Direzione generale dei trasporti del 17 dicembre 2015 era favorevole, in particolare sulla base del parere del Servizio dell'ambiente e dei rischi maggiori (SERMA), che rilevava la necessità di un coordinamento con la Città di Ginevra, proprietaria di via di Savoia, il cui risanamento obbligatorio doveva intervenire al più tardi entro il 31 marzo 2018. L'Ufficio federale dell'ambiente (UFAM) ha stimato il 17 febbraio 2016 che il progetto costituisse una modifica di un impianto fisso esistente, senza altre misure da prevedere oltre a quelle integrate nel progetto.

Con decisione del 6 dicembre 2016, l'UFT ha approvato il progetto con oneri e respinto le opposizioni. Ha considerato che solo il rumore del chemin de Granges-Canal doveva essere risanato dal Comune di Chêne-Bougeries, e non quello di via di Savoia. Ha ritenuto che la liberazione dell'esplanade e il mantenimento delle funzionalità della rete TPG costituissero interessi pubblici importanti, che nessun'altra variante fosse realistica, che i valori limite d'immissione (VLI) fossero superati ma non i valori di allarme (VA), e che le ulteriori molestie non raggiungessero la soglia di percezione ai sensi dell'Ordinanza contro l'inquinamento fonico (OIF).

Il 23 gennaio 2017, gli opponenti hanno presentato ricorso al Tribunale amministrativo federale (TAF). Durante l'istruttoria, i TPG hanno prodotto una versione corretta dell'allegato 5.2.6 b della notifica d'impatto ambientale, ed è stato aggiunto l'effetto del rivestimento fonoassorbente previsto su via di Savoia. Con decisione incidentale del 24 gennaio 2019, l'effetto sospensivo è stato parzialmente revocato.

Con sentenza del 30 aprile 2019, il TAF ha parzialmente accolto il ricorso e rinviato la causa all'UFT. Ha ritenuto che i VLI fossero superati in via di Savoia e che la modifica dell'impianto dovesse essere qualificata come notevole; l'UFT avrebbe quindi dovuto esaminare se il risanamento simultaneo della strada fosse realizzabile affinché il rumore stradale rispettasse i VLI di giorno e di notte, e, in mancanza, verificare le condizioni per la concessione di agevolazioni. Per il resto, il ricorso è stato respinto.

I TPG ricorrono al Tribunale federale mediante ricorso in materia di diritto pubblico e chiedono l'annullamento della sentenza del TAF e la conferma della decisione di approvazione dell'UFT del 6 dicembre 2016. Il TAF rinuncia a prendere posizione. L'UFT conclude per l'accoglimento del ricorso, l'UFAM ritiene che il TAF abbia applicato in modo troppo rigido i criteri della DTF 141 II 483 (sentenza Grünau), e il Dipartimento cantonale delle infrastrutture e la Città di Ginevra aderiscono alle conclusioni dei TPG. Gli intimati concludono per il rigetto del ricorso.

Diritto

Quanto all'ammissibilità, il Tribunale federale constata che la sentenza impugnata, che rinvia la causa all'autorità inferiore, ha carattere incidentale e può essere impugnata solo alle condizioni dell'art. 93 cpv. 1 lett. a o b LTF. Ritiene applicabile la lett. b: l'accoglimento del ricorso porrebbe immediatamente fine alla procedura ed eviterebbe una lunga e costosa procedura probatoria, dato che il rinvio presupporrebbe di esaminare il risanamento di via di Savoia in relazione a un progetto di risanamento della Città su scala di quartiere, che richiederebbe nuovi studi, un nuovo intervento delle autorità e un'inchiesta pubblica complementare, con costi notevolmente superiori.

Il Tribunale federale ammette la legittimazione dei TPG a ricorrere ai sensi dell'art. 89 LTF. Sebbene siano un ente di diritto pubblico, i TPG non agiscono nell'esercizio della potestà pubblica ma sono toccati alla stregua di un privato dalla realizzazione di un progetto ferroviario che rientra nell'esercizio della loro concessione, e la sentenza impugnata riguarda direttamente il loro progetto.

Nel merito, il Tribunale federale richiama il quadro legale: i nuovi impianti devono rispettare i valori di pianificazione (art. 25 LPAmb), gli impianti esistenti devono essere risanati (art. 16 e 17 LPAmb), e gli impianti notevolmente modificati sono soggetti al risanamento simultaneo secondo l'art. 18 LPAmb e l'art. 8 OIF, con rispetto dei VLI e non dei soli valori di allarme. La qualificazione di modifica notevole si fonda su un approccio globale, che tiene conto dell'aumento prevedibile delle immissioni, dell'incidenza sulla sostanza della costruzione, dei costi, della durata dei lavori e del prolungamento della vita dell'impianto, la ricostruzione essendo sempre notevole (DTF 141 II 483).

Il Tribunale federale rileva che la modifica non comporterà immissioni più elevate, che la destinazione della strada non cambia fondamentalmente, che la struttura stradale resta simile e che i lavori rientrano sostanzialmente nella manutenzione. Distingue la sentenza Grünau, in cui l'insieme della costruzione doveva essere sostituito su un tratto autostradale di oltre un chilometro, mentre qui via di Savoia misura solo circa 100 m, si inserisce in un progetto ferroviario più ampio e costituisce una strada secondaria in una…