Fatti
La Fondazione collettiva [A.] del Fondo pensione [B.] (di seguito: Fondazione) è stata istituita il 1° maggio 2003 ed iscritta nel Registro di commercio il 9 maggio 2003. Essa aveva lo scopo, tra l'altro, di attuare la previdenza professionale conformemente alla Legge federale sulla previdenza professionale per la vecchiaia, i superstiti e l'invalidità (LPP).
Il 31 ottobre 2005, la Fondazione ha presentato all'autorità di vigilanza, l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS), il conto annuale 2004. Questo indicava come principale attivo un "fondo a capitale garantito della Banca [K.] " di circa 18,6 milioni di franchi, sebbene tale fondo in realtà non esistesse. L'UFAS ha quindi ordinato misure di vigilanza e richiesto ulteriori documenti, che tuttavia non sono stati presentati entro i termini. Di conseguenza, l'UFAS ha sospeso i membri del consiglio di fondazione in carica e nominato nuovi membri provvisori.
I membri provvisori del consiglio di fondazione hanno constatato che il conto presso la Banca [K.] aveva un saldo di soli circa 2,3 milioni di franchi e presso la Banca [N.] solo circa 1,4 milioni di franchi. Il 17 agosto 2006, il membro provvisorio del consiglio di fondazione [M.] ha sporto denuncia penale contro [C.] e [F.] , nonché eventualmente contro altre persone, poiché i saldi effettivi dei conti rappresentavano solo una frazione dei valori patrimoniali indicati in bilancio.
Con decisione del 1° settembre 2006, l'UFAS ha soppresso la Fondazione e ne ha ordinato la liquidazione, in quanto non disponeva più del patrimonio necessario per perseguire il suo scopo.
Il 15 agosto 2007, la Fondazione ha presentato al Dipartimento federale delle finanze (DFF) una richiesta di risarcimento danni contro la Confederazione Svizzera, in quanto l'UFAS aveva violato i suoi doveri di vigilanza e non aveva rilevato né impedito la fuoriuscita illecita di valori patrimoniali. Con decisione del 12 aprile 2016, il DFF ha respinto integralmente la richiesta di risarcimento danni.
Legge
Il Tribunale federale ha innanzitutto esaminato se il Tribunale amministrativo federale abbia legittimamente modificato la sua prassi, esaminando ora d'ufficio la decadenza, anche quando il debitore è un ente pubblico. Il Tribunale federale ha ritenuto tale modifica di prassi ammissibile, in quanto basata su seri motivi sostanziali e conforme alla giurisprudenza del Tribunale federale.
Inoltre, il Tribunale federale ha esaminato se la conoscenza dei membri del consiglio di fondazione [C.] e [F.] possa essere attribuita alla Fondazione. Il Tribunale federale ha negato ciò, in quanto [C.] e [F.] sono stati condannati con sentenza passata in giudicato per più casi di appropriazione indebita…