En Fait
La société A. GmbH (ci-après : le contribuable) a été fondée le 26 septembre 2007 et a son siège à U./GR. Elle est inscrite au registre des contribuables assujettis à l'impôt intérieur tenu par l'Administration fédérale des contributions (AFC) et établit ses comptes selon la méthode effective. Pendant les périodes fiscales 2013 à 2017, son modèle d'affaires consistait à acheter du bois sur pied ("sur pied") auprès de divers propriétaires forestiers (ci-après : producteurs primaires) pour le revendre, après abattage, à des scieries en Suisse ou à l'étranger. Pour effectuer les travaux d'abattage, elle faisait appel à des sous-traitants (ci-après : entreprises forestières) qu'elle rémunérait à ses frais et qui supportaient ainsi les coûts de production. Elle déduisait les coûts de production et une marge ("déduction de coordination") du prix du bois à verser aux producteurs primaires.
L'AFC a contrôlé le contribuable et constaté que celui-ci avait intégralement répercuté les coûts de production de 5'304'357 francs sur les producteurs primaires et perçu en outre la marge ("déduction de coordination"). Bien qu'il ait imputé les coûts de production au compte de charges 3060, il les avait également crédités au compte de produits 4500. En outre, il n'avait pas imposé la répercussion des coûts de production ni la perception de la "déduction de coordination", considérant qu'il s'agissait d'une prestation (livraison de bois par les producteurs primaires au contribuable). Selon l'AFC, il s'agissait en réalité de deux prestations.
En Droit
Le Tribunal fédéral considère que la répercussion des coûts de production effectifs par le contribuable sur les producteurs primaires ne…