Fatti
La società Elektrizitätswerke Wynau AG (EWW AG) presentò nel 1981 una domanda di concessione per la demolizione e la ricostruzione della sua centrale idroelettrica sull'Aare. Il Gran Consiglio del Cantone di Berna concesse la necessaria concessione nel 1988. Diverse organizzazioni per la protezione dell'ambiente si rivolsero contro di essa al Consiglio federale, che nel 1993 riscontrò lacune nella procedura, ma respinse comunque il ricorso.
Durante la procedura di ricorso dinanzi al Consiglio federale, l'EWW AG riuscì ad ottenere l'autorizzazione per la prima fase di costruzione, non controversa. Per la seconda fase di costruzione, la Direzione delle costruzioni, dei trasporti e dell'energia del Cantone di Berna concesse nel 1997 le necessarie autorizzazioni ai sensi della legge sulla protezione delle acque, della pianificazione del territorio e della protezione della natura e del paesaggio. Contro questa decisione complessiva, le organizzazioni per la protezione dell'ambiente si sono rivolte al Tribunale amministrativo del Cantone di Berna, che ha parzialmente accolto il ricorso.
Sia l'EWW AG che le organizzazioni per la protezione dell'ambiente hanno quindi presentato un ricorso di diritto amministrativo al Tribunale federale.
Legge
Il Tribunale federale ha deciso che la decisione di concessione del Consiglio federale non pregiudica le successive procedure di autorizzazione, in particolare quella ai sensi della legge sulla protezione delle acque. Manca una gerarchia legale che fonderebbe l'efficacia vincolante della decisione di concessione.
Le autorità che devono decidere sull'autorizzazione per la protezione…