Sachverhalt
Die [X. GmbH] mit Sitz in [A.] ZG wird überwiegend von ihrem Geschäftsführer [Y.] beherrscht, dessen Wohnsitz in [B.] ZH ist. Das kantonale Steueramt Zürich nahm mit Entscheid vom 7. Dezember 2007 die Steuerhoheit ab der Periode 2002 gegenüber der Gesellschaft in Anspruch, da deren tatsächliche Leitung und Verwaltung durch den Geschäftsführer an seinem Wohnsitz ausgeübt werde. Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich bestätigte diesen Entscheid am 18. März 2009 kantonal letztinstanzlich.
Die [X. GmbH] hat Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten beim Bundesgericht eingereicht und beantragt im Wesentlichen, den verwaltungsgerichtlichen Entscheid aufzuheben. Das Kantonale Steueramt Zürich und das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich schliessen auf Abweisung der Beschwerde.
Erwägungen
Das Bundesgericht hat die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten zulässig erklärt und die Beschwerdeführerin als legitimiert zur Anfechtung des vorinstanzlichen Entscheids anerkannt. Im vorliegend zu entscheidenden interkantonalen Kompetenzkonflikt können die bereits rechtskräftigen Veranlagungen des Kantons Zug für die Steuerperioden ab 2002 mit angefochten werden.
Das Bundesgericht hat festgestellt, dass die tatsächliche Verwaltung der [X. GmbH] im Kanton Zürich ausgeübt wird und dass der Kanton Zürich somit die Steuerhoheit gegenüber der Gesellschaft zu Recht in Anspruch genommen hat. Die Beschwerdeführerin hat eingewandt, der Kanton Zürich habe seinen Besteuerungsanspruch für die Perioden 2002 bis 2006 verwirkt, da er ihn erst im Jahr 2007 geltend gemacht habe. Das Bundesgericht hat jedoch entschieden, dass…