Fatti

La ricorrente, una Sagl che gestisce uno studio di architettura, è iscritta dal 1° aprile 2000 nel registro dei contribuenti IVA presso l'Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) e applica il metodo delle aliquote saldo. È rappresentata da due soci con diritto di firma individuale, B. e C.

Altre due Sagl, la D. Sagl e la E. Sagl, forniscono servizi nel settore immobiliare. Entrambe sono assoggettate all'IVA dal 26 novembre 2012 e applicano anch'esse il metodo delle aliquote saldo. La D. Sagl è gestita da B., unico socio e gerente, mentre la E. Sagl è gestita da C. Le società sono considerate persone strettamente collegate ai sensi dell'art. 24 cpv. 2 LIVA in combinato disposto con l'art. 3 lett. h LIVA.

L'11 settembre 2017 l'AFC ha effettuato presso la ricorrente un controllo relativo ai periodi fiscali 2012-2015. Con comunicazione di tassazione del 5 dicembre 2017 ha fissato il credito d'imposta complessivo in fr. 427'139.-- e ha richiesto un supplemento di fr. 34'645.--, oltre interessi di mora. La motivazione si fondava su prestazioni della ricorrente a favore della D. Sagl e della E. Sagl, non contabilizzate e non assoggettate all'imposta. La ricorrente ha chiesto una riduzione a fr. 1'221.60 sostenendo di non aver fornito alcuna prestazione.

Con decisione su reclamo del 25 marzo 2019, ampiamente motivata, l'AFC ha confermato la propria valutazione. Ha osservato che le due società non avrebbero potuto operare senza personale e mobilio. Il prezzo di terzi è stato calcolato sulla base dei fatturati dichiarati, detratto un margine di guadagno del 10 % secondo il metodo del prezzo di rivendita, e applicata l'aliquota saldo del 6.1 %.

La ricorrente ha proposto opposizione e ha chiesto che il ricorso fosse trasmesso direttamente al Tribunale amministrativo federale come ricorso per salto d'istanza. Con sentenza del 20 aprile 2020 (A-2304/2019) il Tribunale amministrativo federale ha respinto il ricorso per salto d'istanza. Ha ritenuto che la ricorrente avesse fornito prestazioni rilevanti ai fini IVA, senza contabilizzazione né assoggettamento all'imposta, che tra terzi indipendenti avrebbero dato luogo a un corrispettivo.

Con ricorso in materia di diritto pubblico del 28 maggio 2020 la ricorrente chiede l'annullamento della sentenza precedente e la riduzione del credito d'imposta a fr. 1'220.60. L'AFC chiede la reiezione del ricorso. L'autorità inferiore ha rinunciato a formulare osservazioni.

Oggetto della lite è stabilire se la ricorrente abbia fornito alle società strettamente collegate prestazioni ai sensi dell'IVA, per le quali un terzo indipendente avrebbe versato un corrispettivo, e come debba essere determinato il prezzo di terzi.

Diritto

Il ricorso è ammissibile in quanto ricorso in materia di diritto pubblico contro una sentenza del Tribunale amministrativo federale su una decisione dell'AFC ampiamente motivata e che pone fine alla procedura (art. 82 lett. a, art. 86 cpv. 1 lett. a, art. 90 LTF). La ricorrente è legittimata (art. 89 cpv. 1 LTF). Il ricorso è pertanto ricevibile. Il Tribunale federale esamina la violazione del diritto federale (art. 95 lett. a LTF) e si fonda sui fatti accertati dall'autorità inferiore, salvo che sia fatta valere un'accertamento dei fatti manifestamente inesatto o una violazione del diritto ai sensi dell'art. 97 cpv. 1 LTF (art. 105 LTF). Le censure di violazione di diritti fondamentali sono soggette all'obbligo qualificato di allegazione e motivazione di cui all'art. 106 cpv. 2 LTF.

Una prestazione rilevante ai fini IVA presuppone un nesso economico sufficiente tra prestazione e controprestazione (DTF 141 II 182 consid. 3.3). Ai sensi dell'art. 24 cpv. 2 LIVA, per le prestazioni a persone strettamente collegate è considerato corrispettivo il valore che sarebbe convenuto tra terzi indipendenti (principio della comparabilità con terzi). Nel sistema dell'autotassazione, l'AFC sostiene l'onere della prova oggettivo per i fatti che fondano l'imposta (art. 79 LIVA, art. 8 CC).

Nella valutazione delle prove il Tribunale federale ritiene che la posizione dell'autorità inferiore non sia manifestamente inesatta. Anche per le mere prestazioni di intermediazione è necessaria un'infrastruttura minima, come confermato dalla stessa ricorrente con la sua nuova allegazione sull'utilizzo di computer privati e locali di lavoro. Inoltre, l'AFC ha dimostrato sulla base di documenti che prestazioni, quali uno studio di fattibilità e una vendita di un appartamento, sono state effettivamente fornite dalla ricorrente. Complessivamente la valutazione delle prove non è insostenibile, per cui i fatti che aumentano l'imposta devono ritenersi provati (art. 97 cpv. 1 e art. 105 cpv. 2 LTF).

Quanto alla determinazione del prezzo di terzi, occorre rilevare che i presupposti…