Fatti

Nella zona di Gwatt a Pfäffikon (Comune di Freienbach, Cantone di Svitto) esiste dal 1974 il centro commerciale « Seedamm-Center » (SDC), gestito dalla [E. AG] . Il Consiglio di Stato del Cantone di Svitto ha approvato il 7 gennaio 1980 il piano di utilizzazione « Seedamm-Center » (GP-SDC). Con sentenza del 4 gennaio 2005 (DTF 131 II 103) il Tribunale federale ha accolto un ricorso di [B.] contro una precedente modifica e ampliamento dell'SDC.

Il 29 febbraio 2012 la [E. AG] e la Cooperativa [D.] hanno presentato al Consiglio comunale di Freienbach una domanda di modifica e ampliamento del GP-SDC. Sono previsti un nuovo edificio con circa 15'000 m² di superficie di vendita, un edificio per uffici con 6'820 m² di superficie utile e un garage sotterraneo con 672 posti auto. Le superfici di vendita dovranno essere portate complessivamente a 40'628 m² e i posti auto a 1'795.

Per migliorare l'urbanizzazione è prevista un'accesso diretto dall'autostrada A3 tramite un ponte alto. A tal fine, nel 2012 erano depositate una domanda di approvazione dei piani presso l'Ufficio federale delle strade (ASTRA) e una domanda di licenza edilizia della [E. AG] . Alla fine del 2014 l'ASTRA ha ritirato il progetto depositato. Il 21 luglio 2016 la [E. AG] ha presentato una nuova domanda di costruzione.

Il Consiglio comunale di Freienbach ha accolto parzialmente, il 28 settembre 2017, l'opposizione di [B.] e ha emanato la modifica e l'ampliamento del GP-SDC con modifiche concernenti la gestione dei posti auto e il trasporto pubblico. L'art. 3 delle Prescrizioni speciali di costruzione (OCB) prevede che le licenze edilizie nel perimetro possano essere rilasciate solo quando i progetti di terzi « N3/60 Umgestaltung Anschluss Pfäffikon/Gwatt » e « Hochbrücke und Strassenanpassungen Seedamm-Center » siano giuridicamente e finanziariamente garantiti e realizzati dal punto di vista costruttivo.

Il Consiglio di Stato ha accolto parzialmente, il 16 ottobre 2018, il ricorso della committenza e ha abrogato le disposizioni sulla gestione dei posti auto. Il Tribunale amministrativo del Cantone di Svitto (Camera III) ha accolto parzialmente, il 18 dicembre 2019, il ricorso di [B.] (sentenza III 2018 198), ma ha confermato il regolamento tariffario per i posti auto abrogato dal Consiglio di Stato (art. 5 cpv. 3 terza frase OCB). Ha respinto il ricorso di [A. AG] (sentenza III 2018 201).

[A. AG] (ricorrente 1) ha proposto ricorso in materia di diritto pubblico (1C_99/2020) e ha lamentato soprattutto una carente coordinamento formale e materiale della procedura di piano di utilizzazione con la procedura autorizzativa per il ponte alto e la trasformazione dell'allacciamento autostradale di Pfäffikon. [B.] (ricorrente 2), rappresentato da [C.] , ha anch'egli proposto ricorso (1C_109/2020) e ha chiesto l'annullamento delle decisioni nonché, in via eventuale, modifiche dell'OCB riguardo alla tassa sui posti auto e al servizio di consegna a domicilio.

Il Tribunale federale, il 25 aprile 2023 (1C_787/2021 e 1C_9/2022), ha accolto i ricorsi contro la licenza edilizia e la decisione complessiva cantonale per il ponte alto, poiché la nuova accesso comporta notevoli interventi costruttivi sull'allacciamento autostradale di Pfäffikon e avrebbe dovuto essere autorizzato nella procedura di approvazione dei piani secondo il diritto delle strade nazionali. La ricorrente 1 ha quindi chiesto l'accoglimento e, in via eventuale, lo stralcio come privo di oggetto. Il ricorrente 2 ha chiesto una decisione nel merito. Le controparti e il Consiglio di Stato hanno chiesto il rigetto, poiché l'accessibilità non è messa in discussione e non sussiste un nesso materiale nel senso di una mancata coordinazione.

Diritto

Contro la decisione cantonale finale dell'ultima istanza è ammissibile il ricorso in materia di diritto pubblico secondo l'art. 82 lett. a, 86 cpv. 1 lett. d e 90 LTF. La ricorrente 1, in quanto proprietaria e titolare di diritto di superficie di particelle confinanti, è legittimata a ricorrere (art. 89 cpv. 1 LTF). Il ricorrente 2, in quanto organizzazione di protezione ambientale attiva su tutto il territorio svizzero, è legittimato a ricorrere ai sensi dell'art. 55 LPAmb in combinato disposto con l'ODO, poiché l'ampliamento del centro commerciale e dei posti auto è soggetto all'obbligo di VIA e la procedura di piano di utilizzazione è rilevante. Il ricorso di associazione è quindi ammissibile.

La procedura non è divenuta priva di oggetto con la sentenza del 25 aprile 2023. Finché la condizione dell'art. 3 OCB non si verifica, non possono certamente essere rilasciate licenze edilizie, ma il verificarsi della condizione non può essere escluso. Uno stralcio priverebbe i ricorrenti della tutela giuridica contro il piano di utilizzazione. Una sospensione non entra in considerazione, poiché non vi è alcun altro procedimento pendente il cui esito possa influire sulla decisione (art. 71 LTF in combinato disposto con l'art. 6 cpv. 1 PC), e una sospensione a tempo indeterminato contrasterebbe con l'art. 29 cpv. 1 Cost. I procedimenti sono riuniti. Il Tribunale federale tiene conto della sentenza relativa ai progetti connessi, poiché le nuove conoscenze emerse da procedimenti scaglionati non possono essere ignorate.

La ricorrente 1 lamenta in primo luogo una violazione del principio di coordinamento secondo l'art. 25a LPT, che si applica per analogia anche alla procedura di piano di utilizzazione (cpv. 4). La necessità di coordinare le procedure dipende da uno stretto nesso operativo e funzionale. Un tale nesso sussiste chiaramente nel caso di specie: l'ampliamento dell'SDC è stato subordinato sin dall'inizio alla modifica dell'urbanizzazione, l'art. 3 OCB designa gli impianti di urbanizzazione come presupposto e le controparti sono intervenute come committenti per entrambi i progetti. Un coordinamento formale è escluso a causa di competenze diverse (Comune rispettivamente Cantone da un lato, ASTRA e DATEC dall'altro), mentre un coordinamento materiale è invece necessario.

L'art. 25a LPT si applica in linea di principio solo alle procedure cantonali, ma in situazioni particolari possono sorgere problemi di coordinamento tra diritto federale e diritto cantonale, da risolvere caso per caso. Decisioni contraddittorie devono essere evitate, in particolare nella valutazione dell'impatto ambientale: le emissioni di rumore e di inquinanti atmosferici dell'SDC ampliato dipendono dal volume di traffico, che dovrebbe essere ridotto dalla nuova accesso, mentre il traffico generato dal centro commerciale determina le emissioni dell'accesso.

Inoltre, il piano di utilizzazione non deve rimanere lettera morta. L'urbanizzazione è presupposto della licenza edilizia secondo l'art. 22 cpv. 2 lett. b LPT, ma già nella procedura di piano di…