Fatti

La ricorrente, una [A. AG] e impresa edile con attività di costruzione di edifici e di genio civile nonché lavori di copertura con lastre di pietra naturale, ha percepito dalla cassa disoccupazione Unia, per i suoi dipendenti, indennità per lavoro ridotto per intemperie per un totale di Fr. 1'029'821.60 per i mesi di febbraio e marzo 2014, da gennaio a marzo 2015 e da gennaio a marzo 2016.

Dopo un controllo aziendale del 23 agosto 2016, la Segreteria di Stato dell'economia (SECO) ha richiesto la restituzione di Fr. 776'133.30, corrispondente all'intera indennità per lavoro ridotto per intemperie relativa agli anni 2014 e 2015. Motivazione: le ore di mancato lavoro dovute alle intemperie non erano verificabili. Per il 2016 il SECO ha accettato i fogli mensili come controllo aziendale dell'orario di lavoro e ha negato soltanto alcune perdite di ore fatte valere ingiustamente (decisione del 21 settembre 2016, decisione su opposizione del 13 dicembre 2016).

Il Tribunale amministrativo federale ha respinto il ricorso con sentenza del 7 marzo 2019 (B-664/2017).

La ricorrente ha chiesto dinanzi al Tribunale federale di essere tenuta unicamente alla restituzione di Fr. 19'754.45, in via subordinata che la causa fosse rinviata per ulteriori accertamenti. Il SECO ha rinunciato a una risposta. Con decreto del 6 giugno 2019 il Tribunale federale ha conferito effetto sospensivo al ricorso.

Questione controversa: se la ripetizione di indennità per lavoro ridotto per intemperie per l'importo complessivo di Fr. 776'133.30 si fondi su un accertamento dei fatti manifestamente inesatto o violi il diritto federale.

Diritto

Il Tribunale federale esamina il ricorso in materia di diritto pubblico (art. 82 segg. LTF) per violazioni del diritto secondo gli art. 95 s. LTF e applica d'ufficio il diritto (art. 106 cpv. 1 LTF). È vincolato all'accertamento dei fatti da parte dell'istanza precedente, salvo che sia manifestamente inesatto o risulti da una violazione del diritto (art. 105 LTF).

Il diritto a un'indennità per lavoro ridotto per intemperie sussiste secondo l'art. 42 cpv. 1 LADI in caso di perdita di lavoro computabile ai sensi dell'art. 43 LADI. Secondo l'art. 42 cpv. 3 in combinato disposto con l'art. 31 cpv. 3 lett. a LADI, non sussiste alcun diritto se la perdita di lavoro non è determinabile o se l'orario di lavoro non è sufficientemente controllabile. L'art. 46b OADI esige un controllo aziendale dell'orario di lavoro, da tenere quotidianamente in modo continuo e da conservare per cinque anni. L'onere della prova incombe al datore di lavoro (art. 47 cpv. 3 lett. a LADI). La ripetizione di prestazioni indebitamente versate si fonda sull'art. 95 cpv. 1 LADI in combinato disposto con l'art. 25 LPGA e presuppone una riconsiderazione o una revisione secondo l'art. 53 LPGA.

L'istanza precedente ha accertato che i controlli dell'orario di lavoro per il 2014 e il 2015 presentavano numerose incongruenze. La ricostruzione successiva delle ore di lavoro del cantiere '[B.] ' non può sostituire la mancata registrazione dell'orario di lavoro in tempo reale. I fogli mensili delle ore non corrispondevano alle circostanze effettive, poiché i controlli elettronici erano stati completati con annotazioni di maltempo senza tenere conto dei tempi di lavoro effettivi o delle assenze. I rapporti giornalieri e di lavoro, i rapporti sui veicoli e sulle macchine, le attestazioni di corsi e i certificati medici non erano disponibili in forma completa. La dichiarazione dell'ispettore del lavoro secondo cui sussisteva un controllo aziendale dell'orario di lavoro non ha modificato la mancanza di affidabilità.

La censura della ricorrente, secondo cui l'istanza precedente avrebbe riferito il riconoscimento delle incongruenze…