Fatti
X. è stato condannato dal tribunale distrettuale di Zurigo il 18 aprile 2001 a due anni di carcere per più reati di incendio doloso e altri delitti. L'esecuzione della pena detentiva è stata sospesa a favore di una misura stazionaria. Nel corso degli anni ci sono stati diversi trasferimenti e rientri in vari istituti nell'ambito dell'esecuzione delle misure. Il 21 novembre 2007, l'Ufficio per l'esecuzione penale del Cantone di Zurigo ha disposto il nuovo trasferimento di X. nel reparto chiuso della clinica psichiatrica di Rheinau.
X. ha presentato ricorso contro questo provvedimento di ricovero presso la Direzione della giustizia e degli affari interni del Cantone di Zurigo (JD). Quando il JD ha respinto il ricorso il 1° aprile 2008, X. si è rivolto al tribunale amministrativo del Cantone di Zurigo. Tuttavia, il 4 luglio 2008 il tribunale amministrativo non è entrato nel merito del ricorso, in quanto non si riteneva competente in quel momento.
Legge
Il Tribunale federale constata che il tribunale amministrativo cantonale, nel negare la propria competenza, si discosta dal chiaro tenore letterale del regolamento del Consiglio di Stato e dal senso della normativa transitoria ai sensi dell'art. 130 cpv. 1 e 4 LTF, senza addurre validi motivi.
Ai sensi del § 5 del regolamento del Consiglio di Stato sull'adeguamento del diritto cantonale alla Legge sul Tribunale federale (VO BGG/ZH), il tribunale amministrativo cantonale è competente come ultima istanza di ricorso cantonale nelle controversie sull'esecuzione penale e delle…