Fatti

Nel corso dei lavori di scavo per la costruzione di MITTIM presso la stazione di Wallisellen, il 11 novembre 2008 è stata rilevata la fuoriuscita di tetracloroetilene (Per), appartenente agli idrocarburi clorurati (CKW). La proprietaria del fondo e committente, la [B. AG], ha quindi incaricato la [C. AG] di effettuare gli accertamenti relativi ai siti contaminati e di dirigere i lavori di costruzione dal punto di vista del diritto sui rifiuti. L'Ufficio per i rifiuti, l'acqua, l'energia e l'aria del Cantone di Zurigo (AWEL) ha approvato le misure di contenimento e bonifica proposte.

Sulla base delle indagini della [C. AG], è risultato evidente che l'inquinamento non si limitava solo all'edificio MITTIM, ma si estendeva anche alla adiacente Schwarzackerstrasse. Il Comune di Wallisellen ha quindi incaricato la [D. AG] di effettuare ulteriori indagini. Il sito è stato iscritto nel catasto dei siti contaminati (KbS).

Con decisione del 19 giugno 2013, l'AWEL ha proceduto alla ripartizione dei costi. Ha posto a carico della [A. AG] il 55%, della [B. AG] il 20% e del Comune di Wallisellen il 25% dei costi di bonifica computabili, pari a complessivi Fr. 600'127.30. Sia la [B. AG] che la [A. AG] hanno presentato ricorso contro questa decisione.

Con sentenza del 12 maggio 2016, il Tribunale amministrativo del Cantone di Zurigo ha riunito i due procedimenti. Ha respinto il ricorso della [B. AG], ma ha accolto quello della [A. AG]. Ha ripartito nuovamente i costi di bonifica al 35% a carico della [B. AG] e al 65% a carico del Comune di Wallisellen.

Legge

Il Tribunale federale ha annullato la sentenza del Tribunale amministrativo e rinviato la causa a quest'ultimo per un nuovo esame. È giunto alla conclusione che non sussisteva la necessità di bonifica ai sensi dell'art. 32d cpv. 1 LPAmb, in quanto l'acqua di falda interessata era "acqua di falda sospesa" e quindi non utilizzabile. Di conseguenza, i costi non potevano essere ripartiti secondo le norme sulla bonifica di siti contaminati.

Per i costi delle misure di indagine e monitoraggio, tuttavia, veniva in considerazione una ripartizione dei costi ai sensi…