En Fait

Dans les années 50 et 60, du gravier a été extrait jusqu'en dessous de la nappe phréatique dans la zone d'Oberfeld à Kloten. Entre 1956 et 1968, la gravière a été progressivement remplie avec des matériaux d'excavation, des décombres de construction, des déchets industriels et commerciaux. La zone a été inscrite dans le cadastre des sites contaminés suspects du canton de Zurich en tant que site d'élimination des déchets D.2.

Lors de travaux d'excavation pour la construction d'un nouveau bâtiment commercial de la Sté X. SA sur une partie du site d'élimination (parcelle n° 3857), des restes de batteries ont été découverts en juin 2001. L'étude détaillée a conclu que les zones contenant des restes de batteries devaient être considérées comme nécessitant un assainissement.

La Sté X. SA a soumis au SEPE un projet d'assainissement pour sa parcelle, prévoyant l'enlèvement complet des restes de batteries. Par décision du 19 juillet 2002, le SEPE a approuvé l'objectif et le projet d'assainissement.

Le 24 juin 2007, le SEPE a soumis à l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) une demande d'indemnisation de 40% des coûts d'assainissement pour la partie de la parcelle de la Sté X. SA. L'OFEV a rejeté la demande par décision du 9 novembre 2011.

Tant la Sté X. SA que le canton de Zurich ont recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif fédéral. Celui-ci a rejeté le recours le 26 novembre 2012.

La Sté X. SA et le canton de Zurich ont alors recouru en matière de droit public auprès du Tribunal fédéral.

En Droit

Le Tribunal fédéral constate d'abord que le recours est recevable, car en cas de remplissage des conditions, il existe un droit à l'indemnisation.

Le droit applicable est celui en vigueur au moment de l'assainissement en 2002, soit l'ancienne version de l'art. 32e LPE, l'ancienne OTAS et l'OSOL.

…