Fatti
Le società farmaceutiche Eli Lilly (Suisse) SA, Bayer (Schweiz) AG e Pfizer AG commercializzano, tra l'altro, i loro farmaci per la disfunzione erettile prodotti dalla casa madre, Cialis (Eli Lilly), Levitra (Bayer) e Viagra (Pfizer). Questi farmaci sono soggetti a prescrizione medica, ma non sono inclusi nell'elenco speciale delle assicurazioni malattia e quindi non sono coperti dalle assicurazioni (cosiddetti farmaci fuori lista).
Il 10 maggio 2005, il Segretariato della Commissione della concorrenza (Segretariato) ha avviato un'indagine preliminare poiché Eli Lilly, Bayer e Pfizer hanno fornito raccomandazioni di prezzo non vincolanti ai grossisti e ai punti vendita per Cialis, Levitra e Viagra o le hanno trasmesse attraverso un gestore di database. Il 26 giugno 2006, il Segretariato ha quindi avviato un'indagine contro le suddette imprese. Il 2 novembre 2009, la Commissione della concorrenza (COMCO) ha imposto una sanzione, motivando che la pubblicazione e l'osservanza di raccomandazioni di prezzo al pubblico per Cialis, Levitra e Viagra costituiscono un accordo anticoncorrenziale illecito ai sensi dell'art. 5 cpv. 1 in combinato disposto con l'art. 5 cpv. 4 LCart.
Pfizer ha impugnato la decisione sanzionatoria presso il Tribunale amministrativo federale il 18 gennaio 2010. Quest'ultimo ha accolto il ricorso il 3 dicembre 2013 e ha annullato la decisione. Il Tribunale federale ha annullato la decisione del Tribunale amministrativo federale il 28 gennaio 2015 e ha rinviato il caso a quest'ultimo per una nuova decisione. Il Tribunale amministrativo federale ha nuovamente accolto il ricorso il 19 dicembre 2017 e ha annullato la decisione.
Il Dipartimento federale dell'economia, della formazione e della ricerca (DEFR) ha presentato un ricorso di diritto pubblico al Tribunale federale il 12 febbraio 2018 e ha chiesto, tra l'altro, di confermare la decisione della COMCO del 2 novembre 2009.
Legge
Il Tribunale federale esamina innanzitutto se il comportamento della ricorrente insieme alle farmacie e ai medici che dispensano direttamente i farmaci costituisca un accordo anticoncorrenziale illecito e sanzionabile ai sensi dell'art. 4 cpv. 1 LCart. A tal fine, devono sussistere un…