Erwägungen
Der Beschwerdeführer, das Eidgenössische Amt für das Handelsregister, rügt, dass die Vorinstanz die Justizdirektion des Kantons Zürich zu Unrecht als zuständig für die Behandlung des Rekurses von A. gegen eine Verfügung des Handelsregisteramts Zürich erachtet hat. Die Vorinstanz hätte die Verfügung der Justizdirektion als nichtig feststellen müssen, da diese keine obere kantonale Gerichtsinstanz im Sinne von Art. 165 Abs. 2 der Handelsregisterverordnung (HRegV) ist.
Die Handelsregisterverordnung vom 17. Oktober 2007 sieht in Art. 165 Abs. 2 HRegV einen lediglich einstufigen kantonalen Instanzenzug gegen Verfügungen der Handelsregisterämter vor. Jeder Kanton muss ein oberes Gericht als einzige Beschwerdeinstanz bezeichnen.
Die Vorinstanz hatte die Regelung des einstufigen Rechtsmittelwegs in Art. 165 Abs. 2 HRegV zu Unrecht nicht angewendet. Die Justizdirektion des Kantons Zürich ist keine obere kantonale Gerichtsinstanz im Sinne dieser Bestimmung und damit weder sachlich noch funktionell zuständig für die Behandlung von Beschwerden gegen Verfügungen des Handelsregisteramts Zürich.
Erwägungen
Das Bundesgericht prüft, ob sich der Bundesrat bei der Erlassung von Art. 165 Abs. 2 HRegV an die Grenzen der ihm in Art. 929 Abs. 1 des Obligationenrechts (OR) eingeräumten Befugnisse gehalten hat.
Der Wortlaut der Begriffe "Verfahren" und "Beschwerdeführung" in Art. 929 Abs. 1 OR eröffnet dem Bundesrat einen weiten Regelungsspielraum, der auch die Regelung des Instanzenzugs umfassen kann. Die Entstehungsgeschichte von Art. 929 Abs. 1 OR zeigt, dass dem Bundesrat mit dieser Bestimmung ein "weitester Spielraum" gewährt werden sollte.
Auch eine verfassungskonforme…