Fatti

Nel 1996 il Fondo di garanzia LPP ha garantito prestazioni previdenziali legali di 62,5 milioni di franchi per i beneficiari della fondazione collettiva X. in liquidazione e di 10,1 milioni di franchi per quelli della fondazione collettiva Y. in liquidazione. Entrambe le fondazioni collettive erano state sciolte in base alle decisioni dell'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS) del 16 gennaio 1996.

Il 20 aprile 2000 il Fondo di garanzia si è rivolto al Dipartimento federale delle finanze (DFF) con due "richieste di risarcimento danni ai sensi della legge sulla responsabilità", sostenendo che l'UFAS avesse violato i suoi doveri di vigilanza. Il DFF ha proposto al Fondo di garanzia di ritirare i suoi ricorsi e di seguire la via giudiziaria prevista dalla LPP.

Il 25 luglio 2000 il Fondo di garanzia ha presentato due azioni presso il Tribunale amministrativo del Cantone di Berna, chiedendo alla Confederazione Svizzera gli importi di 62,5 e 10,1 milioni di franchi, oltre agli interessi. Il Tribunale amministrativo non è entrato nel merito delle due azioni.

Il 1° aprile 2010 il Fondo di garanzia ha chiesto la riapertura del procedimento presso il DFF e la conferma della sua competenza. Con decisione del 19 aprile 2011, il DFF non è entrato nel merito delle richieste di risarcimento danni del Fondo di garanzia del 20 aprile 2000.

Contro questa decisione, il Fondo di garanzia ha presentato ricorso il 31 maggio 2011 al Tribunale amministrativo federale. Quest'ultimo ha accolto il ricorso e rinviato la questione al DFF affinché si pronunci sul merito delle due richieste di risarcimento danni del Fondo di garanzia del 20 aprile 2000.

La Confederazione Svizzera ha presentato ricorso in materia di diritto pubblico il 26 ottobre 2012 e ha chiesto l'annullamento della decisione del Tribunale amministrativo federale.

Legge

Il Tribunale federale afferma che il diritto di rivalsa del Fondo di garanzia contro la Confederazione per violazione del dovere di vigilanza da parte dell'UFAS non può essere fatto valere attraverso la responsabilità dello…