Fatti
[F.], nata nel 1969, è stata alle dipendenze del Cantone di Svitto fino al 30 giugno 2009 ed era assicurata presso la Cassa pensioni del Cantone di Svitto per la previdenza professionale. Dal 1° luglio 2009 lavora al 60% presso la X. AG. Il 31 luglio 2009 la sua prestazione di uscita di Fr. 100'528.95 è stata trasferita all'istituto di previdenza del nuovo datore di lavoro, la Cassa pensioni Ascoop (Cassa pensioni del personale di imprese svizzere di trasporto).
Con effetto al 31 dicembre 2009, la X. AG ha disdetto il contratto di affiliazione per il suo personale con la Cassa pensioni Ascoop. Dal 1° gennaio 2010 è affiliata alla Fondazione collettiva Helvetia per l'attuazione della previdenza professionale. La Cassa pensioni Ascoop ha trasferito alla Fondazione collettiva Helvetia una prestazione di uscita ridotta a causa della copertura insufficiente, pari a Fr. 92'745.10. Da un fondo di fluttuazione dei rischi la prestazione di uscita è stata aumentata di Fr. 3'493.10, così che al 1° maggio 2010 esisteva un avere di Fr. 96'238.20. [F.] e la Cassa pensioni Ascoop erano in disaccordo sulla prestazione di uscita.
Il 13 dicembre 2010 l'Ufficio federale delle assicurazioni sociali (UFAS) ha ordinato la liquidazione della Cassa pensioni Ascoop.
Legge
Il Tribunale federale constata che in caso di liquidazione parziale di un istituto di previdenza con copertura insufficiente, ai sensi dell'art. 53d cpv. 3 LPP i disavanzi tecnico-assicurativi possono essere dedotti proporzionalmente, a condizione che il capitale di vecchiaia (art. 15 LPP) non ne risulti diminuito. La deduzione si riferisce in linea di principio all'intera prestazione di uscita e non solo al capitale di copertura accumulato presso l'istituto di…