Fatti
La coppia coniugata A. e [B.A.] risiede a [V.] /SG. [A.A.] ha lavorato fino a fine luglio 2009 presso la [X. AG] a [U.] /FL, dove era assicurato presso la fondazione "[Z.] ". Dopo la risoluzione del rapporto di lavoro con la [X. AG] , [A.A.] ha lavorato nella [Y. GmbH] , da lui fondata il 2 marzo 2009, con sede a [V.] . Il 1° agosto 2009, ha fatto pagare la prestazione di libero passaggio di Fr. 201'606.45 presso la fondazione [Z.] e ha versato questo importo nella [Y. GmbH] .
Nella dichiarazione delle imposte 2009, A. e [B.A.] hanno dichiarato un reddito imponibile di Fr. 97'312.-- e hanno indicato, sotto la voce "Proventi di capitale della previdenza", la prestazione di libero passaggio. Il 9 dicembre 2010, l'ufficio delle imposte cantonale di San Gallo ha emanato una decisione di tassazione separata per i proventi di capitale e ha fissato l'imposta annuale per l'imposta federale diretta a Fr. 2'914.20. Questa decisione è diventata definitiva.
Con decisione del 30 agosto 2011, l'ufficio delle imposte ha tassato A. e [B.A.] per l'imposta federale diretta 2009 con un reddito imponibile di Fr. 286'000.--. A motivazione di ciò, ha affermato che la somma di Fr. 201'606.45 costituisce un provento di capitale senza carattere di previdenza e che non sussisteva un motivo di pagamento in contanti; il provento di capitale deve essere tassato con l'altro reddito al tasso ordinario; dopo la definitività di questa tassazione, la decisione di tassazione separata emanata nel dicembre 2010 sull'imposta annuale sarà annullata d'ufficio in via di revisione.
Legge
Il ricorso in materia di diritto pubblico è ammissibile e l'ESTV è legittimata. È controverso se il provento di capitale debba essere tassato con un'imposta annuale speciale o insieme all'altro reddito.
L'autorità inferiore ha ritenuto che la revisione di una tassazione definitiva sia possibile solo in via eccezionale e a svantaggio del contribuente, se sussiste un errore manifesto dell'autorità fiscale nella tassazione originaria, in modo che il richiamo alla stabilità del diritto appaia come abusivo. Nel caso di specie, il pagamento in contanti non sarebbe stato ammesso secondo il diritto svizzero, poiché il contribuente non aveva intrapreso un'attività lavorativa indipendente.
L'ESTV sostiene, tuttavia, che non spetta alle autorità svizzere applicare il diritto del Liechtenstein. La tassazione del provento di capitale si regola secondo il diritto svizzero, anche se proviene da un'istituzione di previdenza estera. La…