Sachverhalt
Die [X. AG] absorbierte im Jahr 2006 die [Z. AG] , eine 100%ige Tochtergesellschaft der [Y. AG] . Die [X. AG] verrechnete ihren Reingewinn von Fr. 2'866'619.-- mit den Vorjahresverlusten der fusionierten [Z. AG] von Fr. 889'956.--. Der Verlustvortrag bestand aus zwei Forderungsverzichten der [Y. AG] gegenüber der [Z. AG] : einem Verzicht auf ein Startdarlehen von Fr. 499'956.-- und einem Verzicht auf eine Forderung aus Lieferungen und Leistungen von Fr. 390'000.--.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung veranlagte die [X. AG] für die direkte Bundessteuer 2006 mit einem steuerbaren Gewinn von Fr. 2'866'600.--, ohne Verlustvortrag zuzulassen. Die [X. AG] erhob Einsprache, und das Kantonale Steueramt Zürich setzte den steuerbaren Gewinn auf Fr. 2'366'600.-- herab, indem es den Darlehensverzicht von Fr. 499'956.-- zur Verrechnung zuliess.
Das Verwaltungsgericht des Kantons Zürich bestätigte die Beschwerde der Eidgenössischen Steuerverwaltung nicht und liess den gesamten Verlustvortrag zur Verrechnung zu. Die Eidgenössische Steuerverwaltung legte Beschwerde beim Bundesgericht ein und beantragte, das Urteil des Verwaltungsgerichts aufzuheben und den steuerbaren Reingewinn 2006 der [X. AG] auf Fr. 2'866'556.-- festzusetzen.
Erwägungen
Das Bundesgericht prüfte die Zulässigkeit der Verrechnung von Verlustvorträgen einer fusionierten Gesellschaft bei der direkten Bundessteuer. Es stellte fest, dass die Regeln über die Verlustverrechnung gemäss Art. 67 Abs. 1 DBG auch für die Verrechnungsmöglichkeit von Verlustvorträgen einer (gewinn-)steuerneutral übernommenen Gesellschaft durch die übernehmende Gesellschaft im Rahmen von Unternehmensstrukturierungen gelten.
Das Gericht erörterte die Frage, ob der Forderungsverzicht gegenüber einer Unternehmung ihr Fremdkapital betrifft und ihr Eigenkapital unberührt lässt, und ob der Gegenwert aus dem Forderungsverzicht betriebswirtschaftlich einen betriebsfremden Ertrag begründet. Es kam zu dem Schluss, dass der Forderungsverzicht eine erfolgswirksame Sanierungsleistung darstellt und der entstandene (echte) Sanierungsgewinn steuerlich…