Sachverhalt
Die [X. AG] wurde 1989 ins Handelsregister eingetragen und bezweckte den Betrieb eines Büros für Architektur, Ingenieurwesen, Planung und Generalplanung. Im Jahr 2002 fanden bei der [X. AG] Hausdurchsuchungen statt, bei denen Akten beschlagnahmt wurden, die der Steuerverwaltung des Kantons Bern übergeben wurden. Die Steuerverwaltung leitete ein Nachsteuer- und Steuerhinterziehungsverfahren ein und erliess eine Nachsteuerverfügung für die direkte Bundessteuer der Jahre 1997 bis 1999. Die [X. AG] erhob Einsprache, die von der Steuerverwaltung abgewiesen wurde. Die Steuerrekurskommission des Kantons Bern wies die Beschwerde der [X. AG] ab.
Die [X. AG] beantragte beim Bundesgericht die Aufhebung der Ziffern 2, 4, 6 und 7 des Entscheids der Steuerrekurskommission des Kantons Bern sowie die Aufhebung der Einspracheverfügung der Steuerverwaltung des Kantons Bern.
Erwägungen
Das Bundesgericht prüfte die Beschwerde und stellte fest, dass die Steuerrekurskommission des Kantons Bern die Beschwerde zu Recht abgewiesen hat. Die [X. AG] hatte ihre Buchhaltung nicht ordnungsgemäss geführt, und die Steuerverwaltung hatte daher ein Nachsteuerverfahren durchzuführen. Die Steuerverwaltung hatte die Steuerfaktoren nach pflichtgemässem Ermessen geschätzt, und die [X. AG] hatte nicht nachgewiesen, dass diese Schätzung offensichtlich unrichtig war.
Das Bundesgericht wies auch die Rüge der [X. AG] zurück, die Steuerrekurskommission habe ihre…