Sachverhalt
Der Beschwerdeführer [X.] zog am 21. Januar 2001 aus der ehelichen Wohnung in [A.] , Gemeinde [B.] /TG, aus und lebte zunächst bei Freunden, bevor er am 8. Mai 2001 in die psychiatrische Klinik [C.] eintrat. Am 6. November 2002 verliess er die Klinik und bezog eine eigene Wohnung in [D.] /TG.
Das Gemeindesteueramt [B.] veranlagte [X.] und seine Ehefrau am 25. November 2002 für die Steuerperiode 2001 sowohl für die Staats- und Gemeindesteuer als auch die direkte Bundessteuer gemeinsam und zum Verheiratetentarif. Der Beschwerdeführer erhob Beschwerde gegen diese Veranlagung, die jedoch vom Verwaltungsgericht des Kantons Thurgau abgewiesen wurde.
Der Beschwerdeführer erhob daraufhin Verwaltungsgerichtsbeschwerde an das Bundesgericht mit dem Antrag, die Urteile des Verwaltungsgerichts des Kantons Thurgau vom 7. Juni 2006 aufzuheben.
Erwägungen
Das Bundesgericht prüfte die Zulässigkeit der Verwaltungsgerichtsbeschwerde und entschied, dass die Beschwerde zulässig sei, da der Beschwerdeführer als betroffene steuerpflichtige Person zur Beschwerde legitimiert ist.
Das Bundesgericht wendete die Kriterien für eine getrennte Besteuerung an, die in der Rechtsprechung entwickelt worden sind. Es stellte fest, dass der Beschwerdeführer und seine Ehefrau ab dem 21. Januar 2001 keine gemeinsame eheliche Wohnung mehr hatten, jedoch der Beschwerdeführer zivilrechtlich keinen eigenen Wohnsitz im Sinn von Art.…