Fatti
La [X. GmbH] con sede in [A.] ZG è controllata in larga misura dal suo amministratore [Y.] , il cui domicilio è in [B.] ZH. L'ufficio delle imposte cantonale di Zurigo ha assunto la sovranità fiscale a partire dal periodo 2002 nei confronti della società, poiché la sua gestione effettiva e amministrazione sono esercitate dal suo amministratore nel suo domicilio. Il Tribunale amministrativo del Cantone di Zurigo ha confermato questa decisione il 18 marzo 2009 in ultima istanza cantonale.
La [X. GmbH] ha presentato un ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale e chiede sostanzialmente di annullare la decisione del tribunale amministrativo. L'Ufficio delle imposte cantonale di Zurigo e il Tribunale amministrativo del Cantone di Zurigo concludono per il rigetto del ricorso.
Legge
Il Tribunale federale ha dichiarato ammissibile il ricorso in materia di diritto pubblico e ha riconosciuto la ricorrente come legittimata a impugnare la decisione dell'autorità inferiore. Nel presente conflitto di competenza intercantonale, le valutazioni già definitive del Cantone di Zug per i periodi fiscali a partire dal 2002 possono essere impugnate.
Il Tribunale federale ha stabilito che l'amministrazione effettiva della [X. GmbH] è esercitata nel Cantone di Zurigo e che il Cantone di Zurigo ha quindi legittimamente assunto la sovranità fiscale nei confronti della società. La ricorrente ha obiettato che il Cantone di Zurigo ha perso il suo diritto di imposizione per i periodi 2002-2006, poiché lo ha fatto valere solo nel 2007. Tuttavia, il Tribunale federale ha deciso che la…