Fatti

La [A. AG] , la [B. AG] e la [C. SA] (ricorrenti) sono gestori di una rete di distribuzione ai sensi della LAEl e appartengono al gruppo [D.A.] . La Commissione federale dell'energia elettrica (ElCom) aveva esaminato in una procedura formale gli anni tariffari 2009 e 2010 della [A. AG] e, con decisione del 14 giugno 2012, aveva espressamente approvato i costi energetici.

Successivamente, i gestori di rete hanno dichiarato ogni anno al 31 agosto i costi e le tariffe presunti, i costi effettivi dell'anno precedente e le differenze di copertura. L'ElCom ha quindi effettuato controlli automatizzati e ha inviato riscontri (lettere del 7 dicembre 2012 e del 9 gennaio 2013 per l'anno tariffario 2013, del 18 dicembre 2013 per l'anno 2014 e del 16 dicembre 2014 per l'anno 2015). In essi ha dichiarato di aver verificato se i dati e i calcoli fossero conformi alla legislazione in materia di approvvigionamento elettrico e alle direttive.

Con lettera del 27 febbraio 2017 l'ElCom ha comunicato che le tariffe e i costi nell'approvvigionamento di base potevano non corrispondere al metodo del prezzo medio; ha rinunciato provvisoriamente a un'indagine, riservandosi però di svolgerla. Il 26 aprile 2018 ha chiesto un nuovo calcolo retroattivo a partire dall'anno tariffario 2013 e il 30 agosto 2018 ha avviato una procedura formale di verifica tariffaria per gli anni 2013-2018.

Le ricorrenti hanno chiesto l'archiviazione della procedura per gli anni 2013-2015. L'ElCom ha respinto la richiesta con decisione incidentale del 7 febbraio 2019. Il Tribunale amministrativo federale (sentenza del 9 dicembre 2019, A-1360/2019) ha accolto parzialmente il ricorso: per il 2013 e il 2014 sussiste la tutela dell'affidamento, per cui la procedura va archiviata; per il 2015 no.

Contro questa sentenza hanno proposto ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale il DATEC (2C_109/2020) e le ricorrenti (2C_115/2020). Il DATEC ha chiesto l'annullamento per quanto riguarda il 2013 e il 2014; le ricorrenti hanno chiesto l'archiviazione senza riserve anche per il 2015. I procedimenti sono stati riuniti.

Diritto

Il Tribunale federale riconosce la propria competenza e la sussistenza dei presupposti di ammissibilità. La sentenza precedente è una decisione finale per quanto riguarda il 2013 e il 2014 (art. 90 LTF), mentre per il 2015 è una decisione incidentale impugnabile ai sensi dell'art. 93 cpv. 1 lett. b LTF, poiché il suo accoglimento porterebbe immediatamente a una decisione finale e permetterebbe di evitare un dispendio notevole. Il DATEC è legittimato a ricorrere ai sensi dell'art. 89 cpv. 2 lett. a LTF, in quanto deve applicare e sorvegliare la legislazione federale in materia di approvvigionamento elettrico. Le ricorrenti sono legittimate ai sensi dell'art. 89 cpv. 1 LTF, in quanto sono soccombenti nella procedura precedente e restano toccate dalla procedura di verifica tariffaria 2015.

Il principio della buona fede (art. 9 Cost.) tutela l'affidamento legittimo in assicurazioni o in altri comportamenti delle autorità che generano determinate aspettative, purché la persona potesse legittimamente fare affidamento su di essi, abbia adottato in base ad essi disposizioni pregiudizievoli non reversibili e non vi siano preponderanti interessi pubblici contrari. La LAEl non prevede un'approvazione preventiva delle tariffe; l'ElCom sorveglia le tariffe a posteriori e interviene solo in caso di violazioni della legge (art. 22 LAEl; DTF 142 II 451 consid. 4.5.2). I gestori di rete devono presentare il calcolo dei costi entro il 31 agosto (art. 11 LAEl in combinato disposto con l'art. 7 cpv. 7 OAEl).

I riscontri dell'ElCom non contengono né espressamente un'approvazione né una rinuncia a un futuro procedimento di verifica tariffaria, né formulano riserve restrittive. Diversamente dall'approvazione formale nella procedura 2009/2010 (lettera del 14 giugno 2012), manca qualsiasi formulazione secondo cui non sarebbe svolta alcuna ulteriore indagine. Il tenore delle comunicazioni non permette quindi di riconoscere un'approvazione degli anni tariffari 2013-2015. Le ricorrenti, che avevano già attraversato una procedura formale e i cui procedimenti sono stati riuniti, sapevano o avrebbero dovuto sapere che i controlli automatizzati costituiscono solo una verifica di plausibilità e non hanno la profondità di un procedimento formale di verifica tariffaria. Lo conferma anche la guida dell'ElCom relativa al modulo di rilevamento. La formulazione poco chiara secondo cui l'ElCom avrebbe verificato la conformità alla legge e alle direttive non è quindi idonea a generare un affidamento legittimo.

Anche la data di avvio della procedura, il 30 agosto 2018, non cambia nulla. La LAEl non prevede un termine per l'avvio di una procedura di verifica tariffaria; la revisione dell'art. 6 cpv. 5…