Fatti
La [A. AG] (già [B. AG] , con sede a Zurigo) ha presentato il 21 dicembre 2015 presso la Segreteria della Commissione della concorrenza (COMCO) un progetto di notifica semplificata relativa all'intenzione di acquisire il controllo esclusivo della [C. AG] . La Segreteria ha comunicato con lettera del 30 dicembre 2015 che la notifica era incompleta. Il 6 gennaio 2016 le società hanno presentato la notifica completa, con l'espressa indicazione che non sussiste alcun obbligo di notifica e che quindi non vi è spazio per un esame preliminare; in via eventuale, la domanda doveva essere accolta come notifica.
Con lettera del 5 febbraio 2016 la Segreteria ha comunicato che la COMCO riteneva il progetto di concentrazione non problematico. Contemporaneamente ha notificato l'esame preliminare del 4 febbraio 2016 e ha riscosso a tal fine una tassa forfettaria di Fr. 5'000.-- (fattura del 15 febbraio 2016). La società non ha pagato la tassa, ritenendo che, in assenza dell'obbligo di notifica, non si sarebbe dovuto procedere ad alcun esame preliminare.
Il ricorso al Tribunale amministrativo federale è stato respinto con sentenza del 6 ottobre 2020 (B 1471/2016). Il Tribunale amministrativo federale ha qualificato la decisione di addebito delle spese come decisione ai sensi dell'art. 5 PA e ha affermato nel merito un obbligo di notifica (da applicare in modo estensivo).
Con ricorso in materia di diritto pubblico del 13 novembre 2020 la [A. AG] ha chiesto l'annullamento della sentenza dell'istanza precedente e la rinuncia all'addebito della tassa. L'istanza precedente ha rinunciato a formulare osservazioni; la COMCO ha chiesto la reiezione del ricorso. Il Dipartimento federale dell'economia, della formazione e della ricerca non si è espresso.
Oggetto della controversia era la tassa forfettaria di Fr. 5'000.-- per l'esame preliminare secondo l'art. 32 cpv. 1 LCart, nonché la questione se la sua riscossione presupponga l'esistenza di un obbligo di notifica ai sensi dell'art. 9 LCart e se la mancata possibilità di chiarire l'obbligo di notifica violi la garanzia della via giudiziaria di cui all'art. 29a Cost.
Diritto
Il Tribunale federale è entrato nel merito del ricorso. La ricorrente è materialmente lesa dall'addebito delle spese (art. 89 cpv. 1 lett. b e c LTF). Il fatto che la COMCO abbia ritenuto il progetto non problematico e che la ricorrente non sia lesa nella sua domanda principale è irrilevante ai fini della legittimazione, poiché l'addebito presuppone la valutazione in via incidentale dell'obbligo di notifica. Si poteva rinunciare a un interesse attuale alla tutela giuridica.
L'esame preliminare secondo l'art. 32 LCart è concepito come procedura a due stadi: l'esame preliminare chiarisce in modo sommario sia l'obbligo di notifica sia gli indizi di costituzione o rafforzamento di una posizione dominante (art. 10 cpv. 1 LCart). Sulla base del Messaggio LCart 1995 e della giurisprudenza (DTF 127 III 219), l'esistenza dell'obbligo di notifica non è un presupposto per l'esame preliminare. Dopo la presentazione di una notifica la COMCO deve, per legge, svolgere un esame preliminare, indipendentemente dall'esistenza di un obbligo di notifica.
Nel diritto dei cartelli vale per l'addebito delle spese il principio di causalità (art. 2 OEm-LCart). L'art. 4 cpv. 3 OEm-LCart prevede per l'esame preliminare una tassa forfettaria di Fr. 5'000.--. La disposizione di ordinanza si fonda su una norma di delega sufficientemente concreta (art. 53a LCart) e, alla luce dei principi di copertura dei costi e di equivalenza, non è censurabile, tanto più che l'importo sarebbe regolarmente superato in caso di calcolo in base al tempo impiegato. Poiché la ricorrente ha presentato una notifica e ha così causato l'esame preliminare, deve la tassa forfettaria. Tale obbligo di pagamento non dipende dall'esito dell'esame preliminare, né dallo scadere del termine mensile senza comunicazione, né da una dichiarazione di non pericolosità o dalla negazione dell'obbligo di notifica. Pertanto è rimasto…