Fatti
La A. GmbH gestisce dal 2002 circa, senza autorizzazione, una stazione di trasbordo e raccolta per il riciclaggio sui fondi part. nn. 5577 e 5578 in X.strasse a Kloten. Il fondo si trova nella zona agricola ed è parte di un ex impianto di estrazione di ghiaia.
Il 25 luglio 2016 la A. GmbH ha presentato una domanda di costruzione per la demolizione, l'ampliamento, la trasformazione e il cambiamento di destinazione delle costruzioni a uso commerciale. Con decisione complessiva del 29 dicembre 2016 la Direzione cantonale delle costruzioni di Zurigo ha rilasciato l'autorizzazione ai sensi della pianificazione del territorio e della protezione della natura, con oneri accessori; l'autorizzazione edilizia del Comune di Kloten è datata 17 gennaio 2017.
Il Tribunale di ricorso in materia edilizia del Cantone di Zurigo ha accolto il ricorso di Pro Natura (Svizzera) e di Pro Natura Zurigo il 7 dicembre 2017 e ha rinviato la causa per la prosecuzione della procedura, poiché la zona di deposizione di anfibi di importanza nazionale non era stata sufficientemente considerata. Il Tribunale amministrativo del Cantone di Zurigo ha respinto il ricorso della A. GmbH il 4 ottobre 2018, nella misura in cui è entrato nel merito.
La A. GmbH ha proposto ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale, chiedendo tra l'altro l'accertamento della garanzia dello statu quo e la conferma delle autorizzazioni edilizie. Il Tribunale federale ha respinto il ricorso e ha annullato l'autorizzazione edilizia del 29 dicembre 2016.
La questione centrale era se l'impianto di riciclaggio possa essere autorizzato a posteriori, nonostante si trovi nella zona agricola e nel settore A di una zona di deposizione di anfibi di importanza nazionale iscritta nell'inventario federale IFP e nonostante il Cantone non abbia ancora fissato con precisione per particella il confine della zona ai sensi dell'art. 5 OSRA.
Diritto
Il Tribunale federale esamina anzitutto se, per il cambiamento di destinazione soggetto ad autorizzazione delle costruzioni commerciali preesistenti secondo il diritto previgente, possa essere concessa un'autorizzazione successiva. Il perimetro si trova nella zona agricola, per cui un'autorizzazione conforme alla zona ai sensi dell'art. 22 cpv. 2 LPT non entra in considerazione. Determinanti sono le disposizioni speciali sullo statu quo dell'art. 37a LPT e dell'art. 43 OPT, che prevalgono sulle disposizioni generali dell'art. 24a LPT e dell'art. 42 OPT. Secondo l'art. 43 OPT la costruzione deve essere stata realizzata legalmente, non devono sorgere sostanziali nuovi effetti sul territorio e sull'ambiente e il nuovo uso non deve essere inammissibile in base a un altro atto normativo federale. Inoltre, ai sensi dell'art. 43a lett. e OPT, non possono opporsi interessi prevalenti della pianificazione del territorio, il che richiede una considerazione complessiva e un'ampia ponderazione degli interessi.
Il perimetro costituisce dal 2001 una zona di deposizione di anfibi di importanza nazionale nell'IFP secondo l'OSRA. La Confederazione è competente per la protezione degli spazi vitali (art. 78 cpv. 4 Cost.; art. 18a cpv. 1 LPN). Gli oggetti fissi comprendono il settore A con lo specchio d'acqua di deposizione e le superfici adiacenti, nonché il settore B con gli spazi vitali terrestri. Nel settore A la protezione della natura ha un rigoroso primato su altri utilizzi. Secondo l'art. 5 OSRA i Cantoni devono fissare con precisione il confine, ai sensi dell'art. 8 OSRA devono adottare misure di protezione e di manutenzione e secondo l'art. 10 OSRA devono prendere misure urgenti per impedire un peggioramento.
L'UFAM ha convincentemente rilevato che l'area dello stabilimento si trova integralmente nel settore A. Determinante è il più recente inventario federale del 2001 e non l'inventario cantonale della natura e del paesaggio del 1980, che registra solo una parte del biotopo di ghiaia. Anche gli oneri accessori della decisione di primo grado non costituiscono una fissazione implicita del confine o di misure di protezione.
Il Cantone non ha…