Fatti
La società Parking Plaine de Plainpalais SA (l'assoggettata), con sede a Ginevra, è iscritta all'IVA dal 1° gennaio 1995. Gestisce un parcheggio sotterraneo su una particella di proprietà della Città di Ginevra.
Con convenzione del 22 e 30 giugno 1978, la Città di Ginevra ha costituito un diritto di superficie a favore della società. La convenzione prevede che la Città rinunci a riscuotere un canone di superficie finché gli investimenti della superficiaria e dei finanziatori non siano ammortizzati e fruttiferi, in ragione dell'interesse pubblico dell'opera e dei rischi economici assunti. Secondo la convenzione, il ritorno delle costruzioni alla scadenza del diritto avviene senza controprestazione. Il diritto, inizialmente previsto fino al 2013, è stato prorogato fino al 2043 con addenda del 1° febbraio e del 17 marzo 1999. Alla data del 2 maggio 2017 non era stato riscosso alcun canone.
In seguito a un controllo riguardante i periodi dal 2010 al 2013, l'Amministrazione federale delle contribuzioni (l'autorità fiscale) ha ritenuto che l'assoggettata non avesse ridotto la deduzione dell'imposta precedente nonostante il ricevimento di una sovvenzione sotto forma di diritto di superficie senza canone. Con decisione del 28 giugno 2016, confermata su reclamo il 2 maggio 2017, ha fissato i crediti fiscali e la correzione d'imposta a favore della stessa in 44'565 fr.
Il Tribunale amministrativo federale, adito dall'assoggettata, ha accolto il ricorso con sentenza del 30 gennaio 2019, annullato la decisione su reclamo e rinviato la pratica all'autorità fiscale. Ha ritenuto che la rinuncia al canone non costituisse una sovvenzione, poiché la concessione gratuita del diritto di superficie si trovava in un rapporto di scambio con la restituzione senza indennità delle costruzioni.
L'autorità fiscale propone un ricorso in materia di diritto pubblico e chiede l'annullamento della sentenza cantonale, il riconoscimento di una sovvenzione e la riduzione della deduzione dell'imposta precedente. In via subordinata, chiede il rinvio della causa per la determinazione del valore delle sovvenzioni. L'assoggettata conclude per il rigetto del ricorso.
Diritto
Quanto all'ammissibilità, il Tribunale federale rileva che la sentenza di rinvio costituisce in linea di principio una decisione incidentale, ammissibile solo alle condizioni degli art. 92 e 93 LTF. Essa è tuttavia considerata causa di un pregiudizio irreparabile (art. 93 cpv. 1 lett. a LTF) quando l'autorità deve emanare una nuova decisione che ritiene contraria al diritto senza poterla poi impugnare. Nel caso di specie, l'autorità fiscale doveva pronunciarsi sull'IVA relativa alla restituzione delle costruzioni e adottare il rapporto di scambio ritenuto dalla sentenza di rinvio, sicché il ricorso è ammissibile.
Per quanto concerne la violazione del diritto di essere sentito (art. 29 cpv. 2 Cost.), il Tribunale federale respinge la censura. La qualificazione come sovvenzione era la premessa necessaria per il calcolo della riduzione della deduzione, e l'assoggettata aveva contestato nella propria argomentazione l'esistenza stessa della sovvenzione. Il Tribunale amministrativo federale non doveva invitare le parti a pronunciarsi sulla convenzione, già agli atti, e la sua motivazione, sebbene sintetica, consentiva di comprendere il suo ragionamento.
Nel merito, una prestazione soggetta all'IVA presuppone uno scambio di prestazioni, vale a dire un rapporto economico stretto tra prestazione e controprestazione, che implica valori economici equivalenti. Le sovvenzioni di diritto pubblico sono escluse dalla controprestazione (art. 18 cpv. 2 lett. a LIVA) e comportano una riduzione proporzionale della deduzione dell'imposta precedente (art. 33 cpv. 2 LIVA). Una sovvenzione è una nozione economica, esaminata in concreto indipendentemente dalla sua denominazione, e può essere accordata mediante rinuncia a una prestazione dovuta.
Il Tribunale federale ricorda che il diritto di superficie è normalmente retribuito mediante un canone, che rimunera l'uso del suolo, mentre l'indennità per la restituzione delle costruzioni (art. 779d CC) rimunera il valore degli edifici. Questi due…