Fatti
La GZO AG è una società anonima con sede a Wetzikon, sorta nel 2009 dalla trasformazione del Consorzio per l'assistenza sanitaria dell'Oberland zurighese. Tutte le azioni sono detenute dai comuni che facevano parte del consorzio. Lo scopo principale consiste nel garantire il mandato di prestazioni acute stazionarie del Cantone di Zurigo nell'Oberland zurighese; essa gestisce l'ospedale di Wetzikon nonché il servizio di soccorso e di trasporto di malati, ed è iscritta per diverse prestazioni di medicina acuta nella lista ospedaliera del Cantone di Zurigo ai sensi dell'art. 39 cpv. 1 lett. e LAMal.
Con decisione dell'8 luglio 2015 il Consiglio di Stato del Cantone di Zurigo ha obbligato la GZO AG e i membri dei suoi organi direttivi a mettere a concorso pubblico tutti gli incarichi che superano le soglie della CIAP, salvo che sussista un'eccezione ai sensi del § 10 dell'ordinanza sulle commesse pubbliche; per le violazioni ha minacciato la sanzione per disobbedienza di cui all'art. 292 CP.
La GZO AG e il suo presidente del consiglio di amministrazione hanno presentato ricorso al Tribunale amministrativo del Cantone di Zurigo. Quest'ultimo ha accolto integralmente il ricorso del presidente del consiglio di amministrazione e parzialmente quello della GZO AG: la disposizione è stata limitata alla GZO AG e la minaccia di sanzione è stata annullata; per il resto il ricorso è stato respinto.
Con ricorso in materia di diritto pubblico e ricorso sussidiario in materia costituzionale del 16 febbraio 2017 la GZO AG è adita il Tribunale federale e ha chiesto di accertare che non è vincolata alle disposizioni del diritto sugli appalti pubblici. Controverso è se la GZO AG sia un ente di diritto pubblico ai sensi dell'art. 8 cpv. 1 lett. a CIAP e se, in tale ambito, non eserciti un'attività commerciale.
Diritto
L'interpretazione dell'art. 8 cpv. 1 lett. a CIAP deve orientarsi al diritto dei trattati internazionali, in particolare all'AAP (allegato I annesso 2 n. 3, annesso 3 nota 1) e alla LAPub. Un ente di diritto pubblico deve essere cumulativamente vincolato a uno scopo di interesse generale, giuridicamente autonomo e legato allo Stato, e non può esercitare un'attività industriale o commerciale. La GZO AG soddisfa, in quanto società anonima, l'autonomia giuridica, poiché la costituzione di diritto privato non osta a tale qualificazione, ed è legata allo Stato, poiché l'organo direttivo è in maggioranza nominato dal settore pubblico. Il suo scopo (garanzia dell'assistenza acuta stazionaria) persegue un interesse generale e corrisponde al mandato costituzionale di cui agli art. 117 e 117a Cost.
Decisivo è pertanto se la GZO AG operi in modo commerciale, ossia se agisca come un soggetto economico privato in un contesto di concorrenza funzionante. Determinante è una valutazione complessiva di tutte le circostanze giuridiche e di fatto alla luce degli obiettivi del diritto degli appalti (evitare aggiudicazioni antieconomiche o discriminatorie), in analogia alla giurisprudenza della CGUE sui 'compiti di natura non commerciale' (DTF 141 II 113, DTF 142 II 369).
La pianificazione ospedaliera e la procedura di iscrizione nella lista di cui all'art. 39 LAMal non offrono un sostituto equivalente della procedura di aggiudicazione: perseguono in parte obiettivi economici, ma non contengono una tutela contro le discriminazioni come il diritto degli appalti e restano improntate a un'economia pianificata. La pressione concorrenziale esercitata dagli ospedali senza posto in lista è limitata, poiché questi sono rimborsati solo in misura ridotta (al massimo il 45 % secondo l'art. 49a cpv. 2 LAMal). La concorrenza con i fornitori di prestazioni ambulatoriali riguarda solo una parte dello spettro delle prestazioni e non il trattamento acuto stazionario.
La formazione dei prezzi per le prestazioni acute stazionarie avviene secondo criteri definiti dallo Stato (tariffe forfettarie per caso,…