Sachverhalt
Der Beschwerdeführer, [X.] , war seit 1981 in der Abteilung Sicherheit der Eidgenössischen Technischen Hochschule Zürich (ETHZ) angestellt. Am 9. September 2003 erstattete die ETHZ Strafanzeige gegen [X.] und stellte ihn per sofort frei. Mit Verfügung vom 27. Oktober 2003 kündigte der Präsident der ETHZ das Arbeitsverhältnis auf den 30. April 2004 wegen Verletzung gesetzlicher und vertraglicher Pflichten. [X.] erhob Beschwerde beim Bundesverwaltungsgericht und später beim Bundesgericht.
Das Bundesverwaltungsgericht hob den Entscheid der ETH-Beschwerdekommission auf und bestätigte die Beendigung des Arbeitsverhältnisses auf den 30. April 2004. Es verpflichtete die ETHZ, [X.] eine Entschädigung in Höhe eines Bruttojahreslohnes zuzüglich 5 Prozent Zins seit dem 1. Mai 2004 auszurichten.
[X.] stellte bei der ETHZ einen Antrag auf Schadenersatz und Genugtuung wegen Urkundenfälschung und Ausstellung eines codierten Arbeitszeugnisses sowie falscher Aussage in einem Verwaltungsverfahren. Die ETHZ trat auf die Schadenersatz- und Genugtuungsforderung nicht ein.
Das Bundesverwaltungsgericht sistierte das Verfahren und hob die Sistierung später wieder auf. Es hiess die Beschwerde im Sinne der Erwägungen teilweise gut und verpflichtete die ETHZ, [X.] ein Arbeitszeugnis auszustellen, das ihn nicht benachteiligte.
Erwägungen
1. Zulässigkeit der Beschwerde
Die Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten ist zulässig, da die Streitwertgrenze von Fr. 30'000.- erreicht ist.
2. Schadenersatz- und Genugtuungsforderung
Der Beschwerdeführer leitet seinen Schadenersatz- und Genugtuungsanspruch daraus ab, dass das am 30. August 2004 ausgestellte Zeugnis codierte Aussagen enthalten und auf eine fristlose Entlassung hingedeutet habe. Die Vorinstanz hat erwogen, dass der Anspruch nicht verwirkt sei, da der Beschwerdeführer erst am 22. Juni 2006 die schädlichen Auswirkungen des Arbeitszeugnisses erkannt habe.
3. Widerrechtlichkeit des Zeugnisses
Die Vorinstanz hat festgestellt, dass das Zeugnis widerrechtlich sei, da es den Eindruck erwecke, der Beschwerdeführer sei fristlos entlassen worden. Die zweite Fassung des Zeugnisses sei problematisch, weil Ausstellungsdatum und Datum der Beendigung des Arbeitsverhältnisses stark…