Fatti

La Engadin St. Moritz Mountains AG (parte convenuta) ha presentato il 28 maggio 2015 all'Ufficio federale dei trasporti (OCE) una domanda di concessione e di approvazione dei piani per la costruzione e l'esercizio di una funivia a cabine ad anello da 10 posti da St. Moritz Bad a Signal. L'impianto sostituisce la funivia a va e vieni risalente al 1972 con tracciato invariato; la stazione a valle deve essere ampliata e dotata di un ulteriore utilizzo del mantello. I costi complessivi ammontano a ca. 35 mio. di franchi. Non fa parte della domanda la «Arealüberbauung Signal» con autorimessa sotterranea, albergo, negozi e appartamenti accanto alla stazione a valle.

L'OCE ha rilasciato il 28 maggio 2018 la concessione n. 3966 (40 anni, capacità oraria di 2'400 persone rispetto alle precedenti 1'000) e ha approvato i piani con oneri ed eccezioni. Le opposizioni di [A. SA] (proprietaria fondiaria della particella n. 1989, ca. 15 m di distanza dal tracciato), delle comunioni di proprietà per piani [B.] e [C.] nonché di [D.] (particelle sorvolate) sono state parzialmente accolte. Il Tribunale amministrativo federale ha respinto i ricorsi riuniti con sentenza del 2 settembre 2020 (A-2700/2018, A-2735/2018, A-2739/2018), in quanto ricevibili.

[A. SA] (1C_567/2020) nonché le comunioni di proprietà per piani e [D.] (1C_568/2020) hanno interposto ricorso in materia di diritto pubblico al Tribunale federale. Hanno chiesto il rifiuto di concessione e di approvazione dei piani, in via subordinata il rinvio. La parte convenuta ha chiesto la reiezione; l'OCE ha rinunciato a prendere posizione. Il Tribunale federale ha concesso ai ricorsi effetto sospensivo con decisioni presidenziali dell'11 novembre 2020. L'Ufficio federale dell'ambiente (UFAM) ha presentato le proprie osservazioni.

Erano controverse in particolare: la mancata verifica di varianti di sistemi alternativi di funivia aerea (funivia a va e vieni, sistema 3S) ai sensi dell'art. 5 cpv. 2 LFo, dell'Art. 3 LPN e dell'art. 10b cpv. 2 lett. b LPAmb; il disboscamento di 1'580 m2 di bosco; l'utilizzo dello spazio riservato alle acque dell'Inn ai sensi dell'art. 41c cpv. 1 OPAc; e la prova dell'accessibilità per disabili ai sensi dell'art. 11 cpv. 1 lett. b OIFT.

Diritto

I procedimenti 1C_567/2020 e 1C_568/2020 riguardano lo stesso oggetto impugnato e sono riuniti (art. 71 LTF in combinato disposto con l'Art. 24 PC). I ricorrenti sono legittimati al ricorso in ragione della loro qualità di proprietari fondiari e della particolare vicinanza alla funivia (art. 89 cpv. 1 LTF). Non si entra nel merito della richiesta di annullamento della decisione dell'OCE del 28 marzo 2018, poiché essa è stata sostituita dalla decisione del Tribunale amministrativo federale (effetto devolutivo).

È necessaria una ponderazione globale e complessiva degli interessi, comprensiva della verifica delle varianti: secondo l'art. 3 cpv. 1 LPN (compito federale), l'art. 5 cpv. 2 LFo (disboscamento, vincolo di ubicazione, ponderazione degli interessi preliminarmente strutturata), l'art. 41c cpv. 1 OPAc (spazio riservato alle acque) nonché l'art. 3 e l'art. 2 cpv. 1 lett. b OPT. L'autorità deve esaminare seriamente le varianti che entrano concretamente in considerazione; solo le varianti manifestamente sfavorevoli possono essere escluse sommariamente. La mera affermazione di svantaggi non basta: i motivi devono essere manifestamente gravi. L'omissione di una verifica delle varianti prescritta costituisce una violazione del diritto e conduce di regola a un accertamento insufficiente dei fatti. Anche il rapporto di impatto ambientale non soddisfa in tal caso l'art. 10b cpv. 2 lett. b LPAmb.

Nel merito, le motivazioni della precedente istanza non sono sufficienti: i presunti svantaggi di esercizio e la capacità di 2'400 persone/h sono documentati solo in modo vago; il fabbisogno di un aumento della capacità di un fattore 2,4 non è sufficientemente documentato. Anche la compromissione del paesaggio causata dalla nuova stazione a monte e da otto piloni (fino a ca. 47 m) non giustifica l'esclusione di sistemi alternativi. Il bosco è giuridicamente molto protetto; una variante con minore incidenza sul bosco non può essere esclusa preventivamente. L'autorità non può lasciare la scelta del sistema al richiedente, quando sono necessarie eccezioni e esistono sistemi alternativi.

L'eccezione per l'utilizzo dello spazio riservato alle acque ai sensi dell'art. 41c cpv. 1 OPAc presuppone un impianto con vincolo di ubicazione nell'interesse pubblico, la cui occupazione deve essere mantenuta il più ridotta possibile. L'elenco dell'art. 41c cpv. 1 OPAc non è esaustivo. Il vincolo di ubicazione della stazione a valle e del pilone di sostegno contro il sollevamento non è stato tuttavia esaminato in modo conforme al diritto: la precedente istanza li ha esaminati separatamente dalla funivia nel suo…