Fatti
Gli uffici federali dell'agricoltura (UFAG, causa 1C_389/2020) e dello sviluppo territoriale (ARE, causa 1C_394/2020) ricorrono contro la sentenza del 2 giugno 2020 della Corte di diritto amministrativo e pubblico del Tribunale cantonale vodese (CDAP, AC.2018.0318). Tale sentenza riguardava l'approvazione del nuovo piano generale di utilizzazione (PGA) e del relativo regolamento del Comune di Valeyres-sous-Montagny, adottato dal Consiglio generale il 2 ottobre 2017.
Il 30 luglio 2018, il Dipartimento del territorio e dell'ambiente (DTE) approvava parzialmente il PGA. Rifiutava in particolare l'estensione della zona edificabile su superfici di avvicendamento colturale (SAC) a sud del villaggio, per quattordici particelle (nn. 54, 55, 58, 60, 61, 64, 65, 66, 74, 98, 362, 531, 532 e 542), con la motivazione che ciò contravveniva all'art. 30 OPT e alla misura F12 del piano direttore cantonale. Il servizio cantonale (SDT) aveva rilevato che tali particelle erano classificate come SAC nell'inventario cantonale e che non vi era più margine di manovra cantonale, essendo le riserve di SAC fortemente diminuite (61 ha alla fine del 2016).
Adita dal Comune, la CDAP ha parzialmente accolto il ricorso. Ha riformato la decisione del DTE su due punti: l'approvazione dei due settori destinati a un piano di quartiere è stata sospesa fino all'adozione di misure che ne garantiscano la disponibilità, e l'assegnazione alla zona edificabile delle quattordici particelle è stata approvata. La CDAP riteneva che tali particelle, in parte edificate nel settore settentrionale, di superficie inferiore a un ettaro e spesso con pendenza superiore al 18%, non fossero materialmente SAC, che i geodati dell'inventario del 1992 non fossero affidabili e che altre superfici avrebbero potuto essere inventariate nell'ambito del progetto d'agglomerato di AggloY.
I due uffici federali ricorrono al Tribunale federale e concludono per il rifiuto dell'assegnazione alla zona edificabile. L'UFAG chiede inoltre l'effetto sospensivo, respinto con ordinanza del 16 luglio 2020. Il Comune conclude per il rigetto dei ricorsi; la corte cantonale rinuncia a pronunciarsi; la Direzione generale del territorio e dell'alloggio vodese conclude per l'accoglimento.
Diritto
Le cause sono riunite (art. 24 PC applicabile per analogia tramite l'art. 71 LTF). I ricorsi sono ammissibili come ricorsi in materia di diritto pubblico contro una sentenza finale di approvazione di un piano di utilizzazione comunale (art. 82 segg. LTF e 34 cpv. 1 LPT). Gli uffici federali sono legittimati a ricorrere (art. 89 cpv. 2 LTF, art. 48 cpv. 4 OPT e art. 34 cpv. 3 LPT).
Il Tribunale federale ricorda il quadro giuridico delle SAC: esse devono essere preservate (art. 3 cpv. 2 lett. a e art. 15 cpv. 3 LPT, art. 26 OPT). Secondo l'art. 30 cpv. 1bis OPT, le SAC possono essere classificate in zona edificabile solo se un obiettivo ritenuto importante dal Cantone non può essere raggiunto in modo adeguato senza di esse (lett. a) e se le superfici saranno utilizzate in modo ottimale (lett. b). Il Tribunale federale sottolinea che la situazione di riserve di SAC molto esigue nel Cantone di Vaud (misura F12) impone un'applicazione rigorosa di tali esigenze.
Sul controllo preliminare, il Tribunale federale ricorda che l'inventario cantonale delle SAC costituisce uno studio di base e un piano settoriale di livello direttore, che non è direttamente impugnabile ma può essere oggetto di un controllo incidentale in occasione dell'adozione di un piano di utilizzazione (art. 21 cpv. 2 LPT, art. 9 cpv. 1 LPT; DTF 143 II 276, DTF 145 II 11). Le condizioni e la portata di tale controllo devono essere definite quando si tratta di assegnare alla zona edificabile superfici inventariate.
Il Tribunale federale rileva che i rilevamenti cantonali del 1988 sono stati effettuati secondo metodi molto disparati, la pendenza massima oscillando tra il 18% e il 35%. I criteri della direttiva del 2006 e del rapporto esplicativo del 2020 (pendenza, superficie d'un pezzo, profondità del suolo) non si applicano retroattivamente ai vecchi rilevamenti. Il rapporto esplicativo del 2020 precisa che, finché non sono disponibili dati pedologici affidabili, le superfici qualificate come SAC nel 1988 continuano a essere considerate tali. Rimettere in discussione tutti gli inventari non fondati su dati affidabili, tra cui quello del Cantone di Vaud, pregiudicherebbe la sicurezza del diritto e il rispetto dei valori minimi di avvicendamento colturale. La divergenza ritenuta dalla corte cantonale tra i rapporti del 2018 e del 2020 non è pertinente, essendo la versione francese del 2018 soltanto una traduzione di lavoro.
Una messa in discussione di una SAC in sede di…