Fatti

Le Ferrovie Federali Svizzere (FFS) hanno ordinato nel 2010 presso la Bombardier Transportation GmbH 59 treni a due piani a lunga percorrenza (IR100, IR200, IC200). L'OCE ha approvato nel 2011 il capitolato d'oneri e gli schizzi tipo con condizioni. Una precedente procedura dinanzi al Tribunale amministrativo federale e al Tribunale federale (2C_380/2012) riguardava il settore delle sedie a rotelle.

Il 30 novembre 2017 l'OCE ha rilasciato alle FFS autorizzazioni d'esercizio temporanee fino al 30 novembre 2018; queste sono state successivamente prorogate fino al 31 dicembre 2022. L'organizzazione Inclusion Handicap ha impugnato le decisioni con numerose domande, concernenti tra l'altro la pendenza della rampa, i bordi di salita, i pulsanti di apertura delle porte, i contrasti, i segnali acustici, l'abbagliamento dell'illuminazione e l'illuminazione a specchio nei WC.

Il Tribunale amministrativo federale (A-359/2018, sentenza del 20 novembre 2018) ha stralciato alcune domande perché divenute prive di oggetto, ha accolto parzialmente la domanda concernente l'accesso tramite un'entrata e ha obbligato le FFS a prevedere per ogni treno almeno un'entrata e un'uscita conformi alla norma con il pittogramma della sedia a rotelle. Per il resto ha respinto il ricorso e ha rinunciato a perizie giudiziarie. Inclusion Handicap è stata obbligata a versare alle FFS e alla Bombardier ripetibili di fr. 126'000.-- ciascuna.

Inclusion Handicap ha proposto ricorso in materia di diritto pubblico dinanzi al Tribunale federale. Le FFS e la Bombardier hanno sollevato eccezioni di decadenza e di cosa giudicata. L'OCE e il Tribunale amministrativo federale hanno chiesto rispettivamente la reiezione o hanno rinunciato a prendere posizione. Oggetto controverso era in particolare se la pendenza massima della rampa del 15 % (allegato n. 4.2.2.8 STI PRM 2014) sia ammissibile secondo il diritto sulla parità dei disabili.

Diritto

La legittimazione ricorsuale di Inclusion Handicap quale organizzazione svizzera di disabili è data (art. 89 cpv. 2 lett. d LTF, art. 9 LDis). L'interesse pratico attuale va ammesso nonostante la scadenza della limitazione temporale originaria, poiché le autorizzazioni d'esercizio sono state prorogate e occorre evitare un inutile formalismo.

L'eccezione di cosa giudicata e l'eccezione di comportamento contrario alla buona fede delle FFS e della Bombardier sono respinte. Una decisione approvata nella procedura secondo l'art. 6a Oferr spiega effetti qualificati di tutela dell'affidamento solo se dagli allegati alla domanda risultano precise e vincolanti determinazioni. Ciò non era il caso per la pendenza della rampa, poiché non sono state fornite indicazioni vincolanti sulla pendenza. Anche una decadenza del diritto di ricorso associativo ideale per comportamento contrario alla buona fede non trova appoggio nella Costituzione.

Quanto al diritto intertemporale, è determinante il diritto al momento dell'emanazione delle decisioni originarie (30 novembre 2017). L'ammissibilità della pendenza della rampa si fonda sulle STI PRM 2014, che sono vincolanti tramite l'art. 15b Oferr e l'art. 2 cpv. 2 ORTDis. Non esiste un'OTNC concernente la configurazione delle rampe; l'OTNC "accesso autonomo ai veicoli" riguarda soltanto l'entrata di almeno un'entrata definita per treno. Le STI PRM sono, a livello di ordinanza, di rango pari all'art. 3 cpv. 1 OTDis, per cui non si svolge alcun esame di compatibilità tra le due. Il Tribunale federale esamina in via pregiudiziale le STI PRM quali diritto d'ordinanza sostitutivo di legge, verificandone la compatibilità con la Costituzione e il diritto internazionale.

Per quanto concerne il…