Sachverhalt
Die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) erliess am 15. Dezember 1998 gegenüber der [X.] eine Ergänzungsabrechnung über Fr. ... für den Zeitraum vom ersten Quartal 1995 bis zum vierten Quartal 1996. Die Steuerpflichtige erhob am 29. Januar 1999 Einsprache und erkannte am 21. Dezember 2001 die von der ESTV gewählte Berechnungsmethode und die Schätzung des baugewerblichen Eigenverbrauchs an, behielt sich jedoch den Einbezug der Bauzinsen in die Bemessungsgrundlage vor.
Die ESTV erliess am 22. Oktober 2001 Ergänzungsabrechnungen für den Zeitraum vom ersten Quartal 1995 bis und mit dem vierten Quartal 2000 und für die beiden ersten Quartale 2001. Die Steuerpflichtige beglich diese Abrechnungen, ohne den Vorbehalt zurückzuziehen. Am 13. April 2005 und 23. August 2005 ersuchte die Steuerpflichtige um Rückvergütung der zu viel entrichteten (Eigenverbrauchs-) Steuern der Jahre 1995 bis 2004.
Die ESTV wies das Rückerstattungsgesuch ab, da die Steuerpflichtige den Vorbehalt implizit zurückgezogen habe. Das Bundesverwaltungsgericht hob den Einspracheentscheid auf und wies die Sache zur Fällung eines neuen Einspracheentscheids an die Vorinstanz zurück.
Erwägungen
Das Bundesgericht prüft die Zuständigkeit und die Eintretensvoraussetzungen von Amtes wegen. Die Beschwerde richtet sich gegen einen Entscheid des Bundesverwaltungsgerichts in einer Angelegenheit des öffentlichen Rechts und kann daher mit Beschwerde in öffentlich-rechtlichen Angelegenheiten angefochten werden.
Das Bundesgericht wendet das Recht von Amtes wegen an und prüft die geltend gemachten Rügen. Die ESTV rügt, die Vorinstanz habe den rechtserheblichen Sachverhalt offensichtlich unrichtig festgestellt. Die Vorinstanz hat festgestellt, dass die Steuerpflichtige den am 21. Dezember 2001 erhobenen Vorbehalt aufrechterhalten habe und darüber hinaus annehme, der Vorbehalt habe inhaltlich neben den Eigenkapital- auch die…