Fatti

La contribuente, una società anonima con sede a [S.] /BE, che gestisce principalmente funivie e impianti sportivi, si trovava in difficoltà economiche nei periodi fiscali dal 2011 al 2015. Il 16 maggio 2011 un tribunale civile dispose la moratoria provvisoria, seguita da una moratoria definitiva fino al 16 giugno 2012. L’Amministrazione federale delle contribuzioni (AFC) iscrisse crediti fiscali aperti di seconda classe, tra cui Fr. 742'045.60 per il quarto trimestre 2010 fino a maggio 2011.

Nell’ambito della ristrutturazione, Confederazione, Cantone e Comune rinunciarono a crediti da prestito per un totale di Fr. 8'676'335.-- a favore della contribuente, senza ricevere in cambio azioni. Inoltre, il capitale sociale di Fr. 16'870'000.-- fu ridotto del 90 % a Fr. 1'687'000.-- e in seguito aumentato a Fr. 7'687'000.-- mediante un aumento di capitale di Fr. 6'000'000.--. Ciò rese possibile la conclusione di un concordato con una percentuale di concordato del 3,6788 % per i creditori chirografari, mentre l’AFC, in qualità di creditrice privilegiata, ricevette integralmente i suoi crediti.

L’AFC effettuò un controllo per i periodi fiscali dal 2011 al 2015 e stabilì un’imposizione supplementare di Fr. 283'926.--. Tale importo si basava sul fatto che la contribuente avrebbe dovuto ridurre di Fr. 208'314.-- le imposte a monte dichiarate per il periodo fiscale 2012, pari a Fr. 563'863.--. L’AFC qualificò le rinunce a crediti come sovvenzioni di diritto pubblico e sostenne che il flusso di mezzi derivante dalla rinuncia a crediti rappresentasse una non-controprestazione. La contribuente contestò l’avviso di rettifica e propose ricorso, che rimase senza esito.

Il Tribunale amministrativo federale accolse parzialmente il ricorso: annullò la decisione di ricorso per i periodi fiscali 2011 (per prescrizione dell’accertamento) e 2012 (per rinvio alla ricalcolazione della riduzione dell’imposta a monte), ma confermò la decisione per i periodi fiscali dal 2013 al 2015. La contribuente propose quindi ricorso al Tribunale federale e chiese di fissare l’imposta per il periodo fiscale 2012 al massimo a Fr. 539'596.--. L’AFC chiese il rigetto del ricorso e ridusse progressivamente la sua pretesa fiscale per il periodo fiscale 2012 a Fr. 619'359.--.

Legge

1. Ammissibilità del ricorso e oggetto del contendere

Il Tribunale federale esamina il ricorso in materia di diritto pubblico e constata che sono soddisfatte le condizioni di cui all’art. 82 lett. a, art. 83 e contrario, art. 86 cpv. 1 lett. a, art. 89 cpv. 1 e art. 100 cpv. 1 LTF. Il ricorso è diretto esclusivamente contro le considerazioni della decisione di grado precedente relative al periodo fiscale 2012. La decisione di rinvio del Tribunale amministrativo federale è da considerarsi come decisione definitiva ai sensi dell’art. 90 LTF, poiché la causa è stata rinviata all’AFC per la ricalcolazione della riduzione dell’imposta a monte. Il Tribunale federale procede all’esame del ricorso.

2. Ammissibilità delle domande dell’AFC nel procedimento dinanzi al Tribunale federale

L’AFC ha più volte ridotto la sua pretesa fiscale per il periodo fiscale 2012 nel corso del procedimento, il che è ammissibile e non costituisce un ricorso incidentale. Il Tribunale federale non può pronunciarsi oltre i limiti delle domande delle parti ai sensi dell’art. 107 cpv. 1 LTF. Qualora l’AFC risultasse vincitrice, le potrebbe essere riconosciuta al massimo una pretesa fiscale di Fr. 619'359.--. La contribuente chiede a sua volta una fissazione dell’imposta al massimo a Fr. 539'596.--.

3. Diritto applicabile e ambito di esame

Il Tribunale federale applica d’ufficio il diritto federale (art. 106 cpv. 1 LTF) e lo esamina con cognizione piena (art. 95 lett. a LTF). L’imposta sul valore aggiunto è strutturata come imposta plurifase con detrazione dell’imposta a monte (art. 1 cpv. 1 LIVA 2009) e mira a tassare i consumi finali non aziendali nel territorio nazionale (art. 1 cpv. 1 secondo periodo LIVA 2009). La detrazione dell’imposta a monte è possibile ai sensi dell’art. 28 cpv. 1 LIVA 2009, purché l’imposta a monte sia stata pagata e sostenuta economicamente. Le eccezioni alla detrazione dell’imposta a monte richiedono una base legale espressa, come previsto dagli Art. 29 LIVA 2009 e art. 18 cpv. 2 LIVA 2009.

4. Qualificazione delle rinunce a crediti come sovvenzioni di diritto pubblico

Le rinunce a crediti della pubblica amministrazione oggetto della…