Fatti
Il Governo del Cantone dei Grigioni ha approvato il 15 marzo 2016 l'adeguamento del piano direttore della regione Surselva e l'aggiornamento del piano direttore cantonale relativo al monumento naturale Ruinaulta/Gola del Reno. Le modifiche prevedevano la designazione di un sentiero pedonale continuo nel fondovalle della Gola del Reno, sul territorio del Comune di Trin, dal ponte Isla Bella fino alla stazione di Trin della Ferrovia Retica (RhB). Il sentiero escursionistico si trova all'interno dell'oggetto IFP n. 1902 'Ruinaulta'.
Gli aventi diritto di voto del Comune di Trin hanno emanato il 21 giugno 2016, nell'ambito di una revisione parziale della pianificazione locale, il piano delle zone e il piano generale delle vie di accesso (PZ/PGA) 1:5'000 Ruinaulta. Questo modifica l'ubicazione e l'estensione della zona di protezione della natura esistente e stabilisce un nuovo tratto di sentiero dal ponte Isla Bella fino alla centrale elettrica (CE) Pintrun, tra la linea ferroviaria e la riva del Reno anteriore, con un tunnel pedonale parallelo al tunnel ferroviario Ransun.
Pro Natura, Pro Natura Grigioni, Schweizer Vogelschutz SVS/BirdLife Schweiz e WWF Svizzera hanno chiesto la mancata approvazione. Il Governo cantonale ha approvato il PZ/PGA il 8 agosto 2017 con oneri e ha respinto le richieste, per quanto vi si è entrati nel merito. Le associazioni hanno presentato ricorso al Tribunale amministrativo, che lo ha respinto con sentenza del 3 ottobre 2018. Con la revisione parziale dell'ordinanza sulle zone alluvionali (OZA) del 29 settembre 2017, in vigore dal 1° novembre 2017, è stato inserito l'oggetto alluvionale n. 385 Ruinaulta. Il DATEC ha inoltre approvato il 3 novembre 2017 l'adeguamento del piano direttore cantonale nell'ambito del 'pacchetto di approvazione 2016'.
Con ricorso in materia di diritto pubblico del 9 novembre 2018, Pro Natura, SVS e WWF Svizzera si sono rivolti al Tribunale federale chiedendo l'annullamento della sentenza del Tribunale amministrativo e del PZ/PGA 1:5'000 Ruinaulta. Il Tribunale federale ha accolto il ricorso.
Diritto
Il Tribunale federale rileva che il sentiero controverso non interessa soltanto un territorio IFP, ma anche una zona alluvionale di importanza nazionale. Gli oggetti d'importanza nazionale dell'inventario dei biotopi sono protetti secondo l'art. 18a LPN mediante le ordinanze del Consiglio federale, in particolare la OZA, che si orienta al principio della conservazione integrale di cui all'art. 6 LPN. Le deroghe dall'obiettivo di protezione, in particolare gli interventi tecnici, presuppongono, oltre alla diretta dipendenza dal luogo, un interesse preponderante di importanza nazionale (art. 4 cpv. 2 OZA). I Cantoni devono disciplinare la protezione e la manutenzione degli oggetti (art. 18a cpv. 2 LPN, art. 3 e 5 OZA, art. 17 LPT); la pianificazione dell'utilizzazione è uno strumento adeguato per la delimitazione di dettaglio. Il concetto di zona alluvionale non è definito dalla legge, ma le zone alluvionali sono habitat dinamici di grande importanza per la biodiversità.
Il piro piro culbianco è una specie di uccello tipica delle zone alluvionali, protetta secondo l'art. 7 LCP, classificata come gravemente minacciata nella Lista rossa, strettamente protetta secondo la Convenzione di Berna e presente nell'area Smeraldo CH09 Ruin'Aulta. Nell'elenco nazionale di priorità dell'UFAM ha il livello più alto, 1. I Cantoni devono garantire, ai sensi dell'art. 5 cpv. 2 lett. c OZA, che gli usi ricreativi nelle zone alluvionali siano compatibili con l'obiettivo di protezione e, ai sensi dell'art. 7 cpv. 4 LCP, proteggere gli uccelli dai disturbi.
Nella delimitazione di dettaglio sussiste un margine di apprezzamento dei Comuni, che però è ridotto. Lungo una linea ferroviaria, secondo la guida all'esecuzione, la delimitazione deve di regola essere effettuata fino alla linea ferroviaria; una delimitazione diversa è ammissibile solo per motivi oggettivi. L'argomento dei ricorrenti relativo alle piene non regge, poiché il terreno non si trova in una zona soggetta a piene. Aspetti di diritto ferroviario (art. 18, 19, 21 Lferr, art. 24 Oferr) devono tuttavia essere considerati nella delimitazione. Una zona di manutenzione estensiva fino a 20 m dall'asse dei binari può, a seconda delle circostanze, appartenere a un habitat degno di protezione; è quindi in…